在混沌与波动混杂之中，出现了一只蛋，这只蛋孵化成阿尔宙斯，其创造了宇宙，而创世之时的碎片则形成了石板，将不同的力量赋予万物。之后阿尔宙斯创造出帝牙卢卡、帕路奇亚和骑拉帝纳，并令它们分别掌控时间、空间和反物质，同时被创造的还有金刚宝珠、白玉宝珠和白金宝珠。骑拉帝纳因其对物质的破坏而被驱逐到毁坏的世界。帝牙卢卡和帕路奇亚在成功地创造出宝可梦世界之后便返回了自己的世界，可以从神奥的枪之柱抵达此处。阿尔宙斯又创造了由克希、艾姆利多和亚克诺姆，给予所有来到宝可梦世界的生灵以知识、情感和意志。之后这三只宝可梦分别潜入心齐湖、立志湖和睿智湖，并被称为湖之众神。宝可梦世界创造完成，拥有了物质与心之后，阿尔宙斯便沉睡于初始之间。盖欧卡因深海海沟压力而生，固拉多在地底岩浆中诞生， 烈空坐因臭氧层的矿物而生。盖欧卡和固拉多分别开始扩张海洋与陆地。两者为争夺在世界之初的优势而进行了旷日持久的激烈战斗。最终烈空坐平息了战斗，盖欧卡和固拉多分别回到了海底洞窟和烟囱山陷入长眠。与此同时，可能有大量的梦幻存在并分布在世界各地。围绕天冠山开始出现神奥地区。在这猛烈的创造过程中，严酷山因地壳抬升而出现，帝牙卢卡和帕路奇亚之间用强大的力量碰撞而落下的碎片诞生出席多蓝恩。
最早的史前宝可梦出现，可能是在这一时期梦幻的数量有所减少，其他宝可梦渐渐增多。3亿年前，化石盔、盖诺赛克特的原型出现。2亿年前，像是天冠山这样的显著地形出现，雷吉奇卡斯移动大陆石板形成各个地区，另外又分别从粘土、冰和岩浆中创造出永恒的宝可梦：雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁，可能分别发生于石器时代、冰河时代和铁器时代。1亿年前，触手百合灭绝，头盖龙、盾甲龙、原盖海龟出现，怪颚龙称霸，冰雪龙被冰封，古空棘鱼维持样貌至今。几万年前，化石盔、菊石兽灭绝。2万年前，人类制作的土偶在偶然照射到奇异的光线下，突变成念力土偶。1万年前，冰河时代最后，象牙猪开始繁荣兴盛，冰河时代之后开始减少。远古某个时期，鲤鱼王因为未知原因发生变异，而开始变得非常弱。远古某个时期，泥偶小人被远古时代的人们运用超古代文明的力量给制作了出来。
在铁器时代之后的某个时间点，雷吉奇卡斯被封印在切锋神殿。雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁分别被封印在丰缘地区的特定地点。3000年前，古代道具出现。在超级进化宇宙中的卡洛斯地区此时发生了战争，一位王者为了复活他的宝可梦，创造了最终兵器，导致整个世界陷入了巨大灾难中，被最终兵器发射的哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔的能量诞生了超级进化与超级石。在超级进化宇宙中，此时的丰缘地区充满自然能量，原始固拉多和原始盖欧卡为争夺无穷的能量爆发了激烈的冲突，人们束手无策，后来烈空坐因平息了两者的战斗而被称作救世主。同时有众多陨石落在了某个瀑布附近，从此当地被称为流星瀑布。2500年前，古代城堡建成。2000年前，在超级进化宇宙中，一颗前所未有的巨大陨石撞击丰缘地区，形成了琉璃市。陨石撞击导致大量的自然能量从地底涌出，原始固拉多和原始盖欧卡再次苏醒，人们对着其实是巨型钥石的陨石祈祷，烈空坐再次出现并超级进化为超级烈空坐，再次平息了两者的战斗，固拉多和盖欧卡分别回到陆地和大海深处。ＡＺ见证了这一历史并将超级烈空坐称为Δ。流星之民为烈空坐建造天空之柱，并将这些历史画作壁画。1500年前，最早的已判明文字系统出现，在阿露福遗迹、阿斯卡纳石室和随意遗迹中使用。与此同时大葱鸭的数量因过度捕猎减少。
在超级进化宇宙中，祐树/小遥遇到了熔岩队召唤固拉多ΩR/海洋队召唤盖欧卡αS的阴谋，固拉多ΩR/盖欧卡αS甚至进行了原始回归造成了更大的灾难，祐树/小遥阻止了固拉多ΩR/盖欧卡αS，拯救了丰缘地区。事件过后不久，巨大的陨石正飞向丰缘地区，得文公司和绿岭宇宙中心计划使用空间转移装置转移陨石却被流星之民的后裔希嘉娜制止，而后希嘉娜与新一代的传承者祐树/小遥一起召唤了超级进化的烈空坐破坏了陨石，并与从其中现身的代欧奇希斯激战，再次拯救了丰缘地区。大吾为了拥有更多的时间寻找石头而将冠军的职务委托给米可利，米可利的师傅亚当代替米可利出任道馆馆主。又过了不久，破浪号终于下水，对战开拓区计划中的对战塔首先落成，紧接着对战开拓区也开发完毕，由亚希达经营。莉拉意外掉入究极之洞穿越到超级进化宇宙的阿罗拉地区且失去大部分记忆，被帅哥和默丹发现，之后加入国际警察。丰缘事件结束1年后，皇家合众号下水。关都地区的事件三年后，城都地区一个名为响声/琴音HGSS/克丽丝C的训练家受博士委托从若叶镇启程，在旅行的过程中挫败了火箭队占领城都地区的阴谋，同时唤回了凤王HG/洛奇亚SS对人类的信任，并与水君建立了羁绊，还通过时拉比穿越时空阻止了坂木回归火箭队。在神奥地区的事件发生前夕，菲蕾地区的巡护员们获得了一颗神秘的蛋，由于菲蕾地区没有能力保护这颗蛋，于是他被传输到了最近的神奥地区。与城都地区的事件几乎同时，神奥地区名为光辉和小光的训练家以及阿驯接受山梨博士的委托从双叶镇启程，期间银河队企图用帝牙卢卡和帕路奇亚建立新世界，其计划被突然出现的骑拉帝纳打断，却导致了现实世界与毁坏的世界Pt相互碰撞毁灭的危险，神奥冠军竹兰与主角一起进入毁坏的世界Pt化解了危机，银河队的老大赤日消失在毁坏的世界之中Pt。不久在国际刑警帅哥的帮助下Pt，主角又挫败了银河队干部冥王的阴谋并逮捕了他。
Ｎ的城堡
神奥地区的事件发生三年后，等离子队的老大魁奇思将收养的婴儿Ｎ推上了王座，并希望利用等离子队与合众地区的建国传说，利用莱希拉姆和捷克罗姆创造新的世界，此时正是斗也/斗子与儿时玩伴白露、黑连为了帮助红豆杉博士完成宝可梦图鉴开始旅行之时，期间斗也/斗子遇到了等离子队的王N，并得知等离子队的雄心壮志，但最终发现这只是魁奇思的阴谋，在众人的努力下，斗也/斗子成为了传说中的理想的追求者B或者真实的追求者W，驾驭捷克罗姆W或莱希拉姆B化解了危机，挫败了魁奇思的阴谋，成为了当地的英雄，N也开始重新思考自己的信念，并最终决定去追求属于自己的未来。在合众地区的事件发生后2年期间，等离子队开始分裂，魁奇思带领新等离子队开始实施合众地区冻结计划,斗也/斗子离开合众去寻找N，白露成为红豆杉博士的助手，黑连成为桧扇道馆的道馆馆主。2年后，新一代的训练家共平/鸣和开始帮助红豆杉博士完成宝可梦图鉴，修为了救回妹妹的扒手猫，孤身一人前去挑战等离子队，在旅行过程中共平/鸣和遇到了利用酋雷姆希望冻结合众地区的魁奇思，N出现帮助了主角，但莱希拉姆W2/捷克罗姆B2被酋雷姆融合，在合众地区众人的努力下，再一次挫败魁奇思，合众地区恢复和平。
最终兵器
在超级进化宇宙中，在合众地区的新危机解决后，卡洛斯地区的卡勒姆和莎莉娜与多罗巴、瑅耶鲁诺、莎娜从朝香镇启程，期间卡洛斯地区的科技组织闪焰队的计划败露，老大弗拉达利启动了3000年前毁灭卡洛斯地区的最终兵器，在卡勒姆/莎莉娜的努力下，最终兵器没有发射，卡洛斯地区的危机化解，ＡＺ也得到了他的宝可梦的原谅。在菲蕾地区事件结束后数年，阿尔米亚地区新一任巡护员创一和仁美毕业，展开了与暗暗队对峙，保护阿尔米亚的旅程。阿尔米亚地区事件结束后数年，奥卜利比亚地区的新巡护员夏也和南美开始了邂逅传说中宝可梦的旅行。在超级进化宇宙中，卡洛斯地区的事件结束两年后格拉吉欧不忍母亲的研究带着属性：空离开以太乐园，之后成为骷髅队雇用的保镖。吉娜和德克希欧被布拉塔诺博士派往阿罗拉地区调查基格尔德。越橘来到阿罗拉地区度假。阿克罗玛来到阿罗拉地区继续自己的研究。赤红和青绿被邀请到阿罗拉地区担任对战树的对战传奇。莉莉艾带着科斯莫古逃离以太乐园，后被芭内特博士在海滩边发现，之后寄宿在库库伊博士家并担任他的助手。
小茂
看到梦睁开双眼，那个男孩喊道：“爷爷，她醒了！”
接着一个白发老人走了进来，那便是大木博士！
梦（慈伏奇梦）
“请问这里是？”梦一脸疑惑的问道
小茂
小茂便立刻说：“这是大木研究所，也是我家，你是谁，为什么会倒在我家门口呢？”
梦（慈伏奇梦）
梦推了推脑袋说：“我的名字是...梦吧...其它的...我想不起来了，至于为什么我会在这里，我自己也不知道。”
小茂
“爷爷，看来她是失去记忆了，怎么办啊？”小茂朝着大木博士问
此时大木博士终于说出了第一句话
大木博士
“那个~你叫梦是吧，你要不要在我这里住下，直到你恢复记忆？你毕竟还是个孩子。”
梦（慈伏奇梦）
“谢谢博士，不过我有我的目标。那就是成为神奇宝贝大师！”梦谢绝的大木博士的好意
大木博士
大木博士听到梦要成为神奇宝贝大师后露出满意地笑容，然后拿出一个神奇宝贝球“对了梦，在你倒下时看你手里握着一个神奇宝贝球，这是你的吗？”
梦一愣，也只是猜想着，便把神奇宝贝球抛出来，接着梦的瞳孔骤然紧缩，出来的是一只笨笨鱼
这时笨笨鱼真在梦身上蹦蹦跳跳，弄得梦哭笑不得，这只笨笨鱼好像见到了久违的主人
梦（慈伏奇梦）
梦想了想对大木博士说：“谢谢博士，这应该就是我的笨笨鱼。”
眼前大木博士和小茂都是吃了一惊
小茂
“梦你是芳缘地区的人吗？笨笨鱼可是芳缘地区稀少的笨笨鱼神奇宝贝啊。”
梦（慈伏奇梦）
“那个~我不记得了可能我自己之前有到芳缘地区去玩......”梦喃喃道
大木博士
“原来如此，可怜的孩子，连自己的家乡都不记得了吗.....”大木博士说道
梦只是一个无语……大木博士像是想起了什么，走了出去。没到10秒钟就走了回来
大木博士
“这个梦你拿着，这是神奇宝贝图鉴和神奇宝贝球，而且你拥有笨笨鱼这说明你有可能是芳缘地区的人，所以我又在你的图鉴里加入了芳缘地区的神奇宝贝资料。”大木博士忽然出现并把神奇宝贝图鉴递给梦
梦从大木博士手中接过神奇宝贝图鉴，恭恭敬敬地鞠了一躬表示感谢
大木博士
“那么梦，你虽然有了一只神奇宝贝，但是这里还有三只给新手训练家的，小茂刚才选了杰尼龟，你也要挑一只吗？”
大木博士对梦关照有加，梦一听还有福利，高兴地不得了
梦（慈伏奇梦）
随后梦看了看桌上后，梦说道“哦！这些都是新人训练家的神奇宝贝啊，我不要了但是大木博士你有伊布么我想要一只伊布。”
大木博士
“哦伊布啊我去给你找找”说完大木博士又回到仓库里面找神奇宝贝球了
小茂
“啊！梦你要伊布干嘛啊，伊布我感觉它并不厉害的。”小茂说道
梦（慈伏奇梦）
“呵呵！厉不厉害并不在于神奇宝贝本身，更重要的在于训练家怎么样掌握神奇宝贝的技能，配合默契和判断，不过神奇宝贝的实力确实也是一个重点，毕竟没有实力，人家一招给你秒了那样可不行的。”梦对着小茂说道
小茂
“听着挺有道理的嗯梦等你拿到伊布要先跟我对战哟。”小茂从沉思中反映过来对梦说道
梦（慈伏奇梦）
“嗯！可以只不过先让办一件事情”梦考虑了一下说道
小茂
“没问题！”小茂高兴的说道
梦给这个就是伊布的神奇宝贝了大木博士擦去脸上的灰把神奇宝贝球递了过去，“汗”这神奇宝贝球好多灰
梦（慈伏奇梦）
擦去灰后，“let'sgo我的伙伴，”梦拿着神奇宝贝球轻轻的往外扔了出去神奇宝贝慢慢的变大
“砰”白光闪了出去，一只可爱的伊布出现在了梦的面前
梦（慈伏奇梦）
“呵呵伊布有没有兴趣一起跟着我旅行啊”梦摸了摸伊布的头问道。伊布点点头
梦（慈伏奇梦）
“呵呵好”摸着伊布的头软绵绵的
梦从小包里面拿出了一个水晶，放到了伊布的头上，伊布的身体慢慢的发光
大木博士
“这是！！！”
大木博士和小茂惊讶的看着白光散去，露出了一个漂亮的冰精灵
大木博士
“梦你不是失忆了吗，伊布有这种进化的形态么？”大木博士激动的问道
梦（慈伏奇梦）
“是啊我是失忆了可是不知道为什么见到这只伊布后！好像想起了模糊的记忆，随后不知不觉就想起来，伊布跟冻结石放在一起可以进化进化成冰精灵的。”梦说道
“冰精灵这我怎么没有听说过，到现在还是只有火精灵雷精灵水精灵居然还有冰精灵”大木博士激动的说道
梦（慈伏奇梦）
“啊，不止还有冰精灵，还有叶精灵是也是用生苔石进化成叶精灵的，太阳精灵，进化条件是白天训练家和伊布的轻密度达到一定程度后就会进化，月精灵，进化条件就是晚上训练家和伊布的轻密度达到一定程度后就会进化”梦抱着头痛苦又解说到
大木博士
“梦你没事吧，要是头疼的太痛就不要想，记忆会慢慢恢复的”大木博士看着痛苦的梦，随后安慰的说道：“不过梦你以前一定见过各种各样的神奇宝贝吧”
小茂
“那！那梦快点来跟我对战。”小茂忍不住说道
梦（慈伏奇梦）
“呵呵，好”梦笑道
大木博士
“你们要到后院对战哟，我可不希望你们在这里把我的仪器给破坏了，”大木博士说道
_____来到后院_____
小茂
“去吧杰尼龟，”小茂大声叫到。杰尼杰尼一个小杰尼龟出现在小茂的前面
梦（慈伏奇梦）
“let'sgo冰精灵”
冰精灵来到了杰尼龟的面前
梦（慈伏奇梦）
“小茂你先攻把毕竟我的属性上有优势。”梦说道
小茂
“好杰尼龟使用水枪。”
一个细小的水枪从杰尼龟的口中发射
梦（慈伏奇梦）
“冰精灵，急冻光线”
小茂
“不好杰尼龟停止水枪”
小茂看到急冻光线把水枪冻住正顺着水枪朝着杰尼龟而来变赶紧下令到。杰尼龟立马停止了水枪
梦（慈伏奇梦）
“嗯反映还不错，那么影子球”
冰精灵立刻远远跳开一段距离，随后张嘴吐出一个紫黑色的影子球，对着杰尼龟发射了过去
小茂
“杰尼龟快避开”小茂大喊道
“砰”影子球命中，杰尼龟被打中飞了出去
梦（慈伏奇梦）
“电光一闪靠近杰尼龟，然后近距离发射急冻光线，”那边刚刚被击飞梦这边又快速的下令到
小茂
“杰尼龟快避开，”小茂着急的下令到
可是还有用么，杰尼龟还没落地呢冰精灵就接近了杰尼龟，快速聚集起了力量，发射出了冰蓝色的光线再次的把杰尼龟打飞了。杰尼龟落到地上双眼冒
小茂
“我输了梦你很厉害但是下次我一定会打败你的”小茂收回杰尼龟对着梦说道
梦（慈伏奇梦）
“呵呵没问题。”梦笑呵呵的说道
大木博士
“梦真是厉害啊说不定这次石英冠军就是梦你的了，”大木博士走过来高兴的说道
梦（慈伏奇梦）
“呵呵我一定会拿到冠军的”梦坚定道
_____夜晚_____
梦（慈伏奇梦）
梦走到水池旁放出了笨笨鱼和冰精灵，对他们的说：“今后就请你们多多指教了，相信我，会有那么一天，我会让你们站在世界的舞台上！”
听到主人的话笨笨鱼在水池里蹦跳着，而冰精灵则微微点了点头……
