宇宙历413年，人类的活动地域已不再束缚于地球这一颗行星上，于这一年建立的月面基地——阿瓦隆，标志着人类太空殖民时期的到来。这个基地的建立是人对宇宙进行更深层探索的新起点，借由科学的力量，整个月球以阿瓦隆为基点，开始了全面的殖民建设。虽然月球的不大，但月面基地阿瓦隆的建成，还是在一定程度上缓解了地球的压力。学者、富豪、以及工人成为了这个月球殖民地的全部居民。学者从事技术性劳动，工人包揽了一切体力型劳动，而那些富豪们——则只是单纯的享受着而已。
然后在几代人的努力下，人类成功的研发出了名为“亚空间跃迁航行”的超高速星际航行技术。
在宇宙历720年，人类终于在火星建成了第二个宇宙殖民基地——第二伊甸，然而，噩梦也在此时缓缓地向人类靠进。
宇宙历724年，一颗巨大的陨石从月球附近的亚空间通道里冲了出来，这颗巨大的陨石对月球造成了毁灭性的打击，毫无悬念的终结了月面基地阿瓦隆。已经运转了300年得月面基地在恐怖的冲击下化为了地球轨道上的碎片，同样，这场毁灭性的冲击也使月球面目全非，经历了这场灾难的月球仅有南极洲的大小。
并且，因为那颗被后世称为“陨灭魔石”的巨大陨石所携带的一种奇异能量，破碎的月球在与陨灭魔石彻底融合后成为了静止于地球上方的第九大陆。乘坐飞行器到达过这块大陆的人，要么当场爆体身亡，要么昏厥。而这些昏厥的人在归来后都发生了变异，虽然外表还和之前一样，但是变异者全都拥有了一种特殊的能量，不是任何已知的能量，而是一种可以在一定程度上扭曲自然法则的能量，经过学者的研究，这种特殊能量的性质与陨灭魔石上附带的能量一摸一样。
这种能量被学者们称之为“魔力”，而拥有魔力的人则被称为“神子”。经过学者们的研究，这种魔力以一种无法解释的形态于神子的DNA结合在了一起。即是说这种产生并控制魔力的能力是可以遗传的。
但遗憾的是，这种遗传不符合任何一种遗传学规律，仿佛是大自然的恶作剧一般的充满了随机性，当然关于这种随机性遗传的现象已是在第二代神子大量战死才被发现的，在魔力刚刚被发现的那段时间里，人类还没有意识到魔力的重要性。而在这场战争中，一个叫做晓美流光的少年展现了他鬼神一般力量，魔量等级A级别第4类，职衔为圣人（sage），魔力总量为六十九万九千，在当时，他的英勇奋战挽救了数十万人，被称为英雄的存在。他的圣技——坐标移动，被他使用得出神入化，每当他开始进攻的时候，往往都是在精灵还未反应过来之时便已结束了战斗。
宇宙历730年，不明生物侵袭了火星，在此次侵袭事件发生3个月后，第二伊甸全线崩溃，整个火星殖民基地无一人生还，上千万的人类成为了这些不明生物的食物。地球联邦对这群不明生物发布了歼灭命令，代号为“精灵歼灭”的反击战开始了。大量的军队通过亚空间跃迁航行技术前往火星轨道进行拦击，但结果却是令人绝望的。正常物理系武器几乎无法对其造成伤害。只有舰载粒子加速炮才能对其造成伤害。
但这种伤害也仅限于这种被称为“精灵”的不明生物的低级类型上。高级精灵几乎免疫一切物理攻击。2个月后，参与“精灵歼灭”作战的军队化作了火星轨道上的残骸。而精灵则通过亚空间前进，到达了地球。由众多国家组成的地球联邦在地球遭受到了精灵全面侵袭后迅速瓦解。世界各国变成了各自为战的状态。做出这种行为的结果便是在短短几周内，世界各国的防卫圈彻底崩溃。十几亿的人类毫无还手之力的被精灵所吞噬。就在此时，那些到达过第九大陆并发生了变异的人们——初代神子，他们加入了战斗。神子们所拥有的魔力可以轻松的杀死那些几乎免疫一切物理攻击的精灵。于是，经过惨烈的战斗，以初代神子全部战死为代价，精灵们被逼退至第九大陆，几乎被消灭殆尽残余精灵在第九大陆上留下了“起源之卵”便全部消失了，仿佛他们从来没有出现过一样。
初代神子虽然全部战死，但是他们的后代中，不断有新的神子被鉴定出来，后世将其统称为“二代神子”。与此同时，第九大陆上产生了强烈的魔力辐射，任何生物、机械在接近到一定范围后都会自爆，第九大陆已经成为了人类无法涉足的禁区。
宇宙历740年，各国之间再次提出了相互联合的建议，但没有一个国家行动起来，所谓联合也成为了一纸空文，此时，各国的防卫体系也都基本完成了修复。同年，精灵留在第九大陆的起源之卵发生了不明原因的爆炸。如同当初精灵消失时的情形，无数的精灵几乎是瞬移般地出现在各国，与此同时，更可怕的事情发生了，有的人类也开始异化为精灵，亚空间通道不明原因关闭，人类被困在了地球上。
宇宙历741年，由各国精英、政治巨头、二代神子组成的“异常生命处理局”成立，以魔力为主体的战斗体系构筑完成。为了活下去，仅仅是抱着这一个念头，仅仅是怀抱着这样一个微小的希望，二代神子也纷纷走上了战场，战争和十一年前一样的惨烈，无数十几岁的少年少女就这样还抱着希望永远留在了战场上。二代神子的大量战死既消耗了精灵的数量，也为人类的反击赢得了宝贵的时间。
宇宙历742年，以培养战斗精英和训练神子为主旨的世界树学院成立，同年，异常生命处理局的调查队在南极洲回收神子尸体的时候发现了沉睡于冰面之下的“七宗罪”，七颗形态、颜色各异的宝石。这七颗宝石散发着强大的魔力，但是却不会伤害到普通人，于是，调查队把七宗罪带回了总局，一位学者——马克·威廉斯，通过对七宗罪的研究，制造出了可以小幅度提升使用者的魔力和魔力操纵精度的初代魔导器。对精灵用特殊兵器——魔导器的诞生，将人类从绝望中拉了出来，装备了魔导器的神子，战斗力与生存率有了显著的提高，精灵被压制了。在第一批魔导器被制造出来后，首先被分给了在战斗中英勇表现的神子，晓美流光便是其中的一员，凭借着他的战斗天赋，几乎没有花任何时间便已经熟练掌握了魔导器，
拥有了魔导器的晓美流光成为了精灵噩梦一般的存在，在他带领下的战斗小队几乎都是以零伤亡完成任务的，因而他也被冠上了“不败军神”这一称号。随着异常生命处理局的日益完善，晓美流光也成为了机动六科的科长，并且拥有了MASTER之名，这可是所有神子的最高荣誉，同时，他也是获得MASTER之名5位神子中唯一活着的一位。可以说是一个活着的传奇。
宇宙历750年，大量第三代神子出生了，第九大陆的强烈魔力辐射小时，次世代魔导器研发成功，人类与精灵之间形成了一种微妙的攻守平衡。
宇宙历755年，经过长期的探讨与小范围的实践，地球各国彻底融合成为一体，地球合众国成立，自此，不同肤色的人、不同种族的人、不同信仰的人都联合在了一起，共同对抗人类的敌人——精灵。同年，世界树学院迁移至第九大陆，由于魔力辐射的消失，普通人也可以和神子一样安全的登上这块悬浮在空中的大陆。
宇宙历767年，在一个名叫红枫镇的地方，一名少年和一名少女踏上了前往世界树学院的征程。在这个位于亚洲中部的小镇上，开始了另外一段传奇，这个少年以及那名永远陪伴在他身边的少女的宿命，终于在命运之轮的转动下开始了运转，那是充满了血与泪的旅途。但少年与少女一定会相互搀扶着走过这段崎岖的旅程，因为他们二人将邂逅众多的同伴，然后一路向前，即使前途渺茫、即使坠入黑暗、即使失去了手中熟悉的温度，他也会不断向前，然后向命运宣战，亦或是向神或是这个世界宣战。
