在得到伊布之后，小智一行人经过漫长的跋涉之后，小智、小霞和小刚三人来到了大傻谷，这里是以大溪谷景色而闻名的地方，据说这里还发现了古代宝可梦的化石。
“这些人是干什么的，大傻谷到底发生什么事情了？”看到好多人拿着镐头铲子等挖掘东西一起向山谷内部走去，小霞标识非常好奇。
“应该是挖化石吧，这个地方发现了已经绝种的宝可梦的化石，可能就是这个原因吧。”小智看着不要出正埋头挖化石的一群人说道。
“哟，我们的小智现在居然连这种事都知道了。”这时后面突然传来了小茂的声音。
“小茂，你居然也来了？”小智有些惊讶。
“哼哼哼！小智，你不应该叫我小茂，应该叫我最强的劲敌才对！自从上次败给伊洛后，我已经完全脱变了！现在，在你面前的是全新的我！曾经的我已经化为夕阳消失了～我现在是早上六点钟的新太阳！”小茂豪言壮志地说道。“不行，本少爷再跟您谈下去，重要的化石会被别人挖走的，我现在很忙，没时间再陪你聊天了，记住了小智，我们总有一天会来一场对决的！。”说完就扛着镐头带着工地帽跑了。
小茂的话搞得小智一头雾水，‘好像一直都是你在说吧。’小智心里小小的吐了下槽。
“看来他变了不少，或许会是你取得石英冠军一大障碍啊伊洛！”伊洛说道。
“就算是这样又如何？我会全力以赴的，不会输给这个家伙的！”小智露出自信地笑容。
……
小智一行人本来也想来看看，古代宝可梦蛋的化石，只不过，他们却遇到了熟悉的三人组。
“既然你诚心诚意的发问了……（跳过）”火箭队三人组说完开场白后，向现在他们暴露出，他们此次地目的，炸掉这片区域然后挖掘化石去卖。
大家体育会就直接打起来了，然后，因为打斗，引起了连锁反应，喷火龙地喷射火焰点燃双弹瓦斯地烟幕 引发大爆炸，从而让事先藏好地炸弹也一并爆炸 行，形成一个大坑，众人直接调入其中。
……
“这里是哪里啊？”小霞看着黑漆漆的四周说道。
“这里应该是大傻谷的地下洞窟，刚才的爆炸在上面开了一个大洞，我们大概就是从那上面掉下来的喵。”喵喵说道。
“你说什么？小鬼头，这都是你们害的。”武藏听了喵喵的话很气愤的对小智说道。
“对，就是因为你们来妨碍我们，事情才会变成这个样子的。”小次郎也生气的对小智喊道。
“什么怪我们？归根究底，就是因为你们不应该安放炸弹。”小智也毫不客气对火箭队说道。
“伊洛，麻烦你照亮这里了。”小智对着飘在身前的伊洛说道。
“好。”伊洛没有拒绝，毕竟，这里可是有个非常厉害的好东西……
伊洛身上散发出光芒，直接照亮了众人周边地盘。
“皮卡！（快看！）”就在大家准备想什么办法离开的时候，皮卡丘突然指着一个地方叫了起来。
“啊啊！那些是什么啊？”顺着皮卡丘的手，大家就看到那边的出现了好多的红色光芒。伊洛将光芒延伸到那边。
那些家伙地样貌顿时浮出水面。
“这些宝可梦们是……菊石兽、多刺菊石兽、化石盔和镰刀盔，是几万年前的宝可梦！据说都已经被定为已灭绝的化石宝可梦了，没想到这里居然会有活着的。”小智看到它们，有些惊讶地说道。
“灭绝的化石宝可梦？太棒了，我们将要成为幸存的古代宝可梦发现者了。”好火箭队他们听到小智的话后非常的高兴，甚至已经开始幻想以后美好的生活了。
“可是，它们好像不太友好，它们的眼中都充满了血丝，难道是因为我们才把他们吵醒的？”小霞有些害怕。
“看来这群家伙起床气很大啊！胖丁，使用唱歌。”小智直接派出了之前收服的粉色恶魔胖丁～
胖丁出场后，一听小智让它唱歌，就非常的高兴，立刻就拿着自己专属地小麦克风（小智给它准备地）使用了唱歌技能。听到胖丁的歌声后，刚苏醒过来的化石宝可梦们和火箭队三人组都睡着了，而小智有波导守护，所以他直接免疫，皮卡丘和伊布被包裹着他的波导保护着，也不会睡着。小霞和小刚早就因为小智收服了胖丁，于是都随手准备了耳塞。至于伊洛，不好意思，伊洛凭借特性，直接无视掉了此招。
小智毫不犹豫丢出一个精灵球，收服了其中的镰刀盔，其中就只有它是小智看中的，索性就收服了。
“小霞和小刚你们要收服吗？它们都是有着水系还有岩石系的宝可梦。”小智对小霞和小刚说道。
“既然这样，去吧精灵球。”小霞丢出两个只精灵球，收服了一只化石盔和一只菊石兽。
小刚也收服了一只化石盔。其他宝可梦就让它们继续睡吧！
“我们现在只能继续往前走了，看看有没有路吧。”伊洛这个时候说道。上面的洞已经封死，根本出不去，只能朝前走，看看有没有出口了。当然，还有一件重要的事情，那就是这个洞窟最强的家伙，化石翼龙！这个家伙，说不定可以吃完小智手上一大王牌，所以伊洛想引导小智前进，去收服那个化石翼龙。
“也只好这样了。”小智等人虽然对此无语，可是没有其他办法了。
不知不觉走到一块岩石前，看到上面有一只体型巨大，张开双翼地龙形宝可梦，“那是什么？”小刚小霞不惹事它是什么宝可梦。
“是化石翼龙！被誉为是古代的天空霸主，喷火龙，决定是你了。”看到化石翼龙，小智非常震惊，急忙派上喷火龙，
“小智，你干什么这么震惊啊？”小霞不理解，就算对方是化石翼龙，小智干什么反应这么大啊？
“因为根据现在许多化石研究报道，化石翼龙，它们是食肉地！”小智凝重地说道。
“什么？！”小霞小刚都大惊失色，也就是说……化石翼龙爸他们当做猎物了？
“嗷！”化石翼龙朝小智他们怒吼一声，使用超级冲击直接冲过来。
“吼吼！”喷火龙见状，直接使用闪焰冲锋迎击。
轰！两个强大地宝可梦撞在一起，掀起巨大气浪。
周边岩石四散，洞窟顶部也开始落下许许多多尖石。
天空霸主与喷火龙首次交锋，不分胜负！
喷火龙眼里战意盎然，它跟天王巅峰的快龙老头（老喷自称。）打过，也跟和自己实力都是天王初级的皮老大（老喷自称。）打过，甚至跟伊神（还是老喷自称。此处指伊洛，不是伊布。）也较量过一番，毫无例外，三次对战，都是它输了！它急需变强，所以它急需要一位沙包，不要问它为什么不选择前三个，这前三个它们太过强大，它打不过。而现在，喷火龙觉得眼前的这个化石翼龙，刚刚好！
对方地实力跟自己一模一样，都是天王初级，喷火龙对于这对手非常满意，哪怕人家属性克制自己，它也丝毫没有在意。
“嗷！”化石翼龙见喷火龙挺强的，眼中也燃起久违地战意。
化石翼龙冲向喷火龙，不断地对喷火龙使用翅膀攻击，喷火龙也一样使用翅膀攻击还击，而且双方攻击速度越来越快，小智登入在下方只能看见许多残影对撞。
“喷火龙，不要认输，使用龙尾！”
得到小智命令，喷火龙直接一个甩尾，击中化石翼龙面部。
“嗷！”化石翼龙痛叫一声，愤怒地张开大嘴，恐怖的能量波动聚集嘴部。
“那是……喷火龙，使用燃烧殆尽！”小智急忙对喷火龙说道。
“吼！”喷火龙嘴巴里也聚集着火红色能量。
“嗷！”化石翼龙喷出了破坏死光。
“吼！”喷火龙喷出火红色光柱，过热。
破坏死光与个人相撞在一块。
经过许久对轰，过热终于压过了破坏死光，直接将瞪大眼睛地化石翼龙吞没。
化石翼龙跌落到地上，转着蚊香眼，失去了战斗能力……
“去吧！”小智丢出一个精灵球，将化石翼龙收进去，摇晃了几下便停止摇晃了。
“很好！收服到一个强大的伙伴了！”小智拿起地上的化石翼龙精灵球，心里非常高兴。
“太好了，小智。”小霞小刚也对小智收服了化石翼龙表示祝贺。
“皮卡？！”“伊洛？！”皮卡丘和伊洛几乎同时发现了什么，一个地上跑 一个在空中飘。
两个小家伙一同朝一个方向而去。
“啊？皮卡丘！伊洛！”小智急忙叫了一声。
“伊布伊～（你们干什么去啊？）”伊布也大叫着。
没过多久，皮卡丘跟伊洛一起回来了。
两个小家伙手里各抱着一个白色带有花纹地宝可梦蛋。
而且两个宝可梦蛋花纹非常相似。
“那是……宝可梦蛋？”三人都非常惊讶。
“两只都是波克比的蛋。”伊洛和皮卡丘将手中地蛋放到了地上说道。
“波克比？”小霞没听过这只宝可梦。
“原来如此，真的好走运啊！小霞，这个蛋就给你了。”小智抱起一个波克比蛋，交给小霞。
“诶？给我？”小霞有些反应不过来。
“当然，你不是喜欢可爱地宝可梦吗？波克比就是一个可爱地小家伙。”小智说道。
“真的吗？太谢谢你了！小智。”小霞非常高兴地接过波克比地蛋。
“那么，这第二个蛋……”小智刚想对小刚说，小刚就开口了，“小智，这个蛋就由你照顾吧！波克比这只宝可梦，我也是有听过的，呃，怎么说，是个不太适合我的宝可梦。”小刚是这么说的。
“这样啊。”小智也不勉强小刚，自己就收下这只波克比的蛋。现在，小智就已经有两个宝可梦蛋了，一个不知道什么宝可梦地蛋，一个非常稀有的波克比蛋。
“那么 接下来，咱们应该考虑考虑，该怎么出去的事情了……”小智看着头顶说道。
“伊布伊～（交给我吧！）”伊布从小智肩上跳了下来，变成太阳伊布，直接使用了瞬间移动，带着大伙儿，一起离开了地下洞窟。至于火箭队三人组，不用管他们，他们除了抓宝可梦之外，什么事情不会做？而且命大的很，想死都难。
……
小智他们继续他们的旅行，这次，小智等人被卷进了小次郎地家里事。
原来小次郎是上流家庭的少爷，佐佐木家族，是个家里有钱到马桶都是纯金打造而成的。年幼的小次郎就是在各种优越环境下成长起来的，但是长时间下来，他开始厌烦这种生活，他讨厌这种生活！所以，在后来父母给他安排一个婚事之后，他果断的逃离家庭，加入了火箭队。
现在，小智他们就被小次郎家里的老管家邀请到家里做客，原本空间一栋豪华别墅时以为那就是家，结果居然是他们下人住的！然后又空间一栋比之前更豪华的别墅，小智等人以为那就是小次郎家的别墅，结果那居然是小次郎养的卡蒂狗的狗窝！好吧！那么现在这个看起来比之前的狗窝还要非常非常豪华地别墅，别搞事我这是猫窝啊！好吧！这个的确是小次郎的了。
接下来发生的事情太过混乱了，总而言之，就是小次郎父母诈死，欺骗小次郎回来，然后让他和鲁美嘉尽快结婚，当然，最后在武藏喵喵地帮助下，呃，顺变还有小智他们的帮忙下，小次郎又一次地逃婚，继续做他的可爱又迷人的反派角色了。
……
接下来地旅行里，小智的妙蛙种子在打败一位训练家的铁甲犀牛之后，开始出现异样情况，背上地种子开始不断发光。
在询问乔伊小姐之后，了解到妙蛙种子是快要进化了。
小智从妙蛙种子口中得知，它不想进化，因为它认为，就算不进化，也不影响变强。
对此，小智尊重自己宝可梦地选择，既然妙蛙种子不想进化，那就不让它进化吧！
当天夜晚，妙蛙种子被绑架了，被一群妙蛙种子……
为了救回妙蛙种子，小智他们也来到了不可思议的花园。
他们惊奇的发现，这里居然有一大群妙蛙种子！它们都唱着奇特地歌曲。小智的妙蛙种子，也在其中，但是，它是唯一一个没有唱的妙蛙种子。
在在中间的巨大古树的树洞里，走出一只体型比一般妙蛙花还要庞大的妙蛙花！
伊洛见到后，都有些惊奇，因为，那只妙蛙花，是霸主宝可梦！没错，就是精灵宝可梦日月里面才出现的霸主宝可梦！
妙蛙花抬头大叫着，在妙蛙花的叫喊和妙蛙种子的回应下，妙蛙种子们开始吸收飘着的花粉，一个个都进化成了妙蛙草。当然，除了一个绝交的妙蛙种子，正是小智的那一只。
妙蛙花见妙蛙种子没有进化，非常严厉地来到妙蛙种子面前，质问它为什么不肯进化，妙蛙种子用回答小智的话回答了妙蛙花，妙蛙花眉头一皱，它告诉了妙蛙种子，虽然不进化也能变强，但是，进化后你才能体会到什么是更强！只有进化，才能让宝可梦变得更强！
可惜妙蛙种子就是倔强地摇头，这让妙蛙花非常生气，它决定让这只妙蛙种子，体验一下，什么是强大的力量！妙蛙花直接使出藤鞭朝妙蛙种子袭来，它的藤鞭特别粗长，妙蛙种子可以肯定，一旦被击中，自己一定重伤！
“快住手！”小智急忙冲过去，用背部硬生生地承受住了妙蛙花一击藤鞭！
小霞小刚：“小智！”
皮卡丘：“皮卡！”
伊布：“布伊！”
伊洛：“笨蛋！”
“我不要紧……”小智像个没事人一样对小霞他们说道。看着怀里呆住地妙蛙种子，露出了微笑。“已经没事了，妙蛙种子。”
“哒呐（小智，你……）……”妙蛙种子有些自责的说道。
“没事了，不要自责了。是我自愿帮你挡下来的。”小智说道。随后，回过头看向妙蛙花。
妙蛙花到现在都有些惊讶，它万万没想到，居然会有人了冲出来保护这只妙蛙种子。
“哒呐哒呐～（人类，你们来这里干什么？）”妙蛙花低沉地说道。
“妙蛙花，我没有恶意，我是来接我的伙伴，妙蛙种子的。”小智看着妙蛙花说道。
妙蛙花眉头又皱了一下，这个少年 他居然听得懂它的话？
妙蛙花看了看妙蛙种子，又看了看小智，“你能听懂我说的话。你身上有波导，而且很雄厚，你是波导使者？”这一次，一道大叔地声音响起。
不仅小智听见了，一旁地小霞小刚都听见了。
“心电感应？妙蛙花，你居然会心电感应？”小智有些震惊。
“回答我的话！人类少年。”
“是的，我的确可以说是波导使者。”小智说道。
“这样么。”妙蛙花沉默了一下，“既然如此，你们就走吧！记住不要将这里地事情传出去。”
“我们不会的。谢谢你，妙蛙花。”小智非常感谢。
“哈哈哈哈！”就在这个时候，一个喵喵热气球出现，然后伴随着经典开场白响起 火箭队三人组再一次登场！他们发明了超级吸尘器，将妙蛙草一个又一个吸走。
这可惹怒了妙蛙花，直接一个藤鞭缠住吸尘器，开始和火箭队们比起拔河。
“妙蛙种子，我们也来帮忙！”小智扶正自己的帽子。
“哒呐！”妙蛙种子也是非常认真，它前肢开始散发着弱弱地绿光。
“去吧！妙蛙种子！”小智妙蛙种子有些不对劲，什么绝招都没有说。
“哒呐！！”妙蛙种子直接用后肢站起来，前肢朝大地一踏，轰！一个个粗壮藤蔓直接从地底冲了出来，直接将火箭队地吸尘器打爆，救下了妙蛙草们。
“啊啊啊！这是怎么一回事？”火箭队三人组有些反应不过来。
“那是，没见过的新绝招？”小霞小刚有些惊讶。
“硬化植物？！太棒了！妙蛙种子，你学会硬化植物了！”
“哒呐～”妙蛙种子也非常高兴。
妙蛙花有些震惊，它看了看妙蛙种子，居然直接学会了御三家草系威力最大的绝招，硬化植物？天赋极佳的妙蛙种子啊！可惜了，就是不肯进化，如果进化成妙蛙花，说不定会更强……
“可恶！既然如此，我们就用抢的！去吧！阿柏怪！”
“双弹瓦斯你也去！”
武藏小次郎派上了自己的宝可梦。
“皮卡丘，十万伏特！伊布，高速星星！妙蛙种子，阳光烈焰！”小智直接命令自己的宝可梦。
轰！！天边出现一共流星，“好讨厌的感觉啊！！”
“很好！做的太棒了！谢谢你们。”小智高兴地抱着皮卡丘，伊布，还有妙蛙种子。
妙蛙花看了看这个少年，陷入沉思，最好玩，似乎决定了什么，它进入树洞里面，没过多久，它就出来了，只见它用藤鞭困着一个东西，它来到小智面前，将其递给小智。
小智伸出手接住，那是，一个带着奇特花纹圆石头。
“这个是？”小智小霞小刚都有些疑惑，只要伊洛瞪大了眼睛，好东西啊！（虽然这东西在它的魔幻空间里有好多。）
“这是能让你的妙蛙种子变强的东西 当然，前提是，它必须进化成妙蛙花，才能使用这个东西，它会让妙蛙花变得更强！甚至达到神兽级别。它就当是谢礼给你吧！”妙蛙花低声的说道。
“这么厉害啊？”小智有些震惊。可是……小智看了看妙蛙种子，它根本不想进化，这东西也用不到了……
“好了，赶紧离开吧！人类，记着不要将这里的事情说出去。”妙蛙花说完，就进入树洞里面再也没有出来。
“算了，妙蛙种子，这个东西，虽然强，但是，你既然不想进化成妙蛙花，我就一定不会让你进化的。这个东西，暂时用不上了。伊洛，麻烦你帮忙保管一下。”小智将手里的石头交给伊洛。
“好的。”伊洛接过了超进化石，将它塞进了十字水晶内。
“好了！各位，我们回去吧！”
“嗯！”
