为了前往第六个道馆所在地，小智一行人中途基本不会再一座城市里休息超过一天的，这么做就是为了尽快赶到吹寄道馆的城市。
旅途中的修炼也是必不可少的，顺带一提，芽衣获得了自己的第三只宝可梦哥德小童，它原本是一只哥德宝宝，后来芽衣在偶然的情况下救了它，然后它就主动跟随了芽衣，之后进行了一段小智的特训后，就进化成了歌德小童。
今天小智他们遇见了红豆杉博士和白露，因为白露有只小嘴蜗 红豆杉博士刚好有只盖盖虫，她们打算交换彼此的宝可梦让它们进化，最终二人的宝可梦也成功交换并且进化成了骑士蜗牛和敏捷虫，最终白露得到了骑士蜗牛，红豆杉博士得到了敏捷虫，有了骑士蜗牛的加入，白露的实力也提升了一大截。
在白露刚离开不久，红豆杉博士还有小智他们碰到了倒在一处山洞外的老人，这老人竟然是红豆杉博士的父亲，也叫红豆杉，为了和红豆杉博士分清楚，以后就称其为老红豆杉博士好了。
老红豆杉博士是因为太长时间没有吃东西所以才昏倒在洞口的，经过一段时间补充食物和休息后，老人家也是完全恢复了。
原来，这位老红豆杉博士在探索黑英雄遗迹的时候碰上了象征鸟直接被它的超能力给送出遗迹了，后来在这洞里面迷了路，最终精疲力竭的找到了出口并昏倒在了那里。
“怎么样？年轻人们，要不要跟我一起去探索黑色英雄的遗迹啊？”老红豆杉博士对小智他们发起了邀请。
“听起来很有意思诶！”芽衣对遗迹之类的还是很感兴趣的。
“我也很想见识一下黑色英雄的遗迹是什么样的。”艾丽丝说道。
“去探索遗迹是非常难得的体验。”天桐说道。
“既然如此我们一起去吧！”小智点了点头说道，如果运气好，说不定真能遇见变成黑暗石的捷克罗姆。
……
与此同时，破败的遗迹之内，一位神秘绿发青年来到了这处宽敞地带，他肩膀上站着一只索罗亚，“就是这里吗？”他缓缓的看着四周喃喃道。
这个时候，象征鸟和死神棺两只宝可梦从他的身后浮现出来，但是，它们竟没有攻击那位青年。
“朋友，请问黑暗石在这里面？”青年的声音很具有磁性，他看着象征鸟和死神棺问道。
两只宝可梦互相看了眼，在思考片刻后，还是对这青年点了点头承认了，它们在青年身上感觉不到恶意，甚至他身上散发出了极大的善意让它们很是亲近。
“能带我去存放黑暗石的地方吗？拜托了，我需要它的力量！”青年非常诚恳的说道。
两只宝可梦愣了一下，互相看了一眼，随后才点了点头同意了，这名青年给它们很亲切的感觉，它们愿意相信这名青年是好人，说不定，真的是捷克罗姆大人等待的理想之人。
……
小智一行人自从进入了遗迹内后可以说一路上碰到了诸多机关，不过好在这种机关根本拦不住小智，轻轻松松搞定了机关，滚石、断桥、机关墙、火壁什么的，根本阻挡不了他们。
“果然，有小智你的加入完全没问题呢！”老红豆杉点了点头说道。
“就是感觉完全没冒险的刺激感了。”艾丽丝有些遗憾的说道。
“嘛，但至少很安全不是吗？”芽衣笑着说道。她倒是不怎么看重刺激感，这些机关如果不是小智搞定了，光凭她们是很难解决的。
这个时候，一行人来到了两边都摆满棺材的走廊。
“不知道为什么，突然感觉阴森森的，这里不安全！”艾丽丝的野性直觉直接发作了。
“阴森就对了，它们不是摆设。”小智开口道。
“不是摆设？难道它们是……”老红豆杉博士还没有说出口，那些棺材们突然动了，各个伸出了四个长长的黑手并露出了自己的鬼脸！
“是死神棺！而且还是一大群！”天桐很是惊讶。
“我拖住它们，你们先走！”小智这个时候说道。
“可是……”“快走！”芽衣本想说些什么，但是小智语气又加重了直接打断了芽衣的话。
“快走吧芽衣，他可是小智啊！咱们不是最清楚他的实力了吗？”艾丽丝拍了拍芽衣的肩膀。那么久了大伙都清楚小智的实力，完全不需要他们担心的。
“……，小智，你一定要跟上来啊！”芽衣先愣了一下，然后才对小智说道。
“我会的。”小智挥了挥手。
就这样，芽衣艾丽丝天桐还有老红豆杉博士先离开了。
“接下来，该解决你们了。”小智见人都离开了，随即看向了这些死神棺。
“gos……”诸多死神棺顿时如临大敌，它们在小智身上感觉到了极大的压迫，不是它们能立敌的！
“嗡！”小智腰间一个精灵球顿时打开，一只巨大的水晶灯火灵出现，仅仅瞪了它们一眼，众死神棺仿佛遇见什么恐怖的东西一样吓得完全不敢动弹了！
“要解决它们吗？”水晶灯火灵看向小智。
小智还没有回答，从小智身后就传来了一道声音，“请不要伤害它们！”
小智以及他的宝可梦们直接转过身，看向那突然出现在他们身后的青年，青年一身白衣，有着一头长长的绿发，带着一顶帽子黑色帽子，脖子上挂着一个吊坠，腰侧挂着一个金色方体，肩膀上站着一只索罗亚，第一眼看上去，给人十分亲和的样子。
“你…竟然……”小智看着这突然出现的青年微微一愣，因为，在他波导的感应下，这名青年身上竟然只有一半的人类波导，另一半，竟然是拉鲁拉丝一族的波导！这证明青年是人与宝可梦产下的后代！简直难以置信，小智还是第一次见到这种人。
就连小智的萌宠们都一眼看出了端倪，这人类，竟然不是完全的人类！
小智头顶的伊洛久违的睁开了眼睛，这不N吗？没想到竟然在这里碰见了！跟TV剧情完全不一样，毕竟TV的N是在合众篇后期才出现的，这个N居然在这里就出现了。
“朋友，请你们不要伤害它们！它们是无辜的，它们只是为了保护这个遗迹。”青年十分真诚的对小智还有他的宝可梦们说道。
“凭什么听你的？你当自己什么身份？”水晶灯火灵不悦的开口，她看得出这个青年是人与宝可梦的后代，但是这又跟她有什么关系？惹急了她连这人一块揍了！
“水晶灯火灵，已经没事了，回来吧。”小智这个时候说道。
“可……”水晶灯火灵还想说些什么，但是看着小智那瞪着它的眼神，水晶灯火灵一颤，“我知道了。”水晶灯火灵化为红光从新回到精灵球中。
而青年看见会说话的水晶灯火灵也是非常震惊，但是当水晶灯火灵自动回到现小智腰间精灵球中的时候，他眉头稍微一皱，不过很快又消失了，因为他确定眼前这少年一定是非常热爱宝可梦的人，从他身边有六只亲近他的宝可梦就能看得出来。而且，更重要的是 他竟然完全感觉不到他身边的宝可梦的心声，根本感觉不到它们的想法。
死神棺们见小智没有动手搞它们，直接呲溜的跑没影了，这人太恐怖了，不想再见到他了！
“谢谢你能原谅它们，我是N，这位是我的朋友索罗亚。”这位自称N的青年来到小智面前道，甚至还介绍了他肩膀上的索罗亚，称呼它为朋友。
N？小智下意识以为这家伙是猎人组织的代号“N”呢，不过看他这个样子，并不像。
“我叫小智，它们是我的家人和战友。”小智对N说道。萌宠们除了伊洛外，都盯着N，它们很好奇这个人为什么会有宝可梦血统，这很不可思议。
“小智？”N愣了一下，不过很快他就调整了心态，“我知道，来自关都地区的强大训练家，自出道以来有记录的对战从来没有输过，是实力非常强大的训练家，身边还有一只独一无二的光系宝可梦，就是它吗？”N看向了小智头顶的伊洛。
“你对我好像很了解的样子？”小智奇怪的看着N。
“确实，我从很久以前就开始关注你了，我完全看不透你，我对你这样的训练家很感兴趣，你与别的训练家完全不一样，其他训练家多多少少都将宝可梦试做可利用的工具，一单用不上就会被抛弃，可是你不一样……”N挂着笑容说道。
“不要一棒子敲死啊！不是所有的训练家都将宝可梦试做工具的，也不是所有训练家都会抛弃宝可梦！”小智说道。
“那么，为什么会有精灵球的存在呢？”N开口道。“精灵球完全束缚下的宝可梦才是不完整的存在，在精灵球里，它们是感觉不到幸福和自由的！”
小智眉头一挑，好家伙，这家伙怎么比刚开始的芽衣还要中毒啊？
“我见过太多的朋友诉说着它们被抛弃被伤害以及原本只想好好的生活却在被精灵球砸中直接失去了自由，而始作俑者的那些训练家，他们竟然只是为了满足自己的收藏欲望还有为了完成图鉴收集的资料，根本没有把它们当做伙伴朋友乃至家人对待。用完之后，更是有丢弃了它们。”N非常认真的说道。“那个时候起，我发现这个世界充满了错误，所以我决定要修正那些错误，就像修改错误公式一样去修正它！我要解放朋友们，创造出一个没有精灵球的世界，一个宝可梦都可以自由生活的幸福世界！”
果然是一个偏执狂呢！小智心里想着。
不是TV的N，反而有点像游戏世界的N吗？伊洛看了眼N。
“我想，能将宝可梦当做家人的你，应该能理解我吧？和我一起来改变这个世界吧小智！我需要你的帮助！”N向小智伸出了手。
“说的很有道理呢，但是我拒绝！”小智表情平淡的说道。
“？！”N愣住了，“为什么？将宝可梦视为家人的你，应该能理解我才对啊！为什么不愿意解放那些宝可梦？”
“从一开始你就错了，N，错的不是精灵球而是人心。精灵球只是供人使用的道具，哪怕没有精灵球，也一样会被人类想尽办法给驯服了。从古代就一直是这样。”小智开口道，“很久以前没有精灵球的时代，人类甚至会运用各种方法来驯服宝可梦来用作生活的方方面面，双方都是十分和睦的生活着，然而在别有用心的人手中，宝可梦是用作战争的兵器，是那种死了再换的兵器！在千年乃至更久以前世界就发生过数次大大小小的战争，每次都是生灵涂炭。道具不是问题，出问题的，是人心，所以说N，你觉得错在哪呢？”
“……”N沉默了，“小智，你果然是我无法解算的公式呢！不过这样，才更有意思啊！”N露出了一丝微笑。
什么东西？小智有点懵，什么时候我变成公式了？还要解算我？你是数学家吗？
“很高兴认识你小智，这是我的荣幸，虽然我们谈崩了，不过我还是打算告诉你，其实，我是等离子团的王。”N直接了当的说道。
“你这样的人竟然是王？不太像啊！我还以为他们的老大起码得是个大叔呢！”小智有点惊讶，这个青年竟然就是等离子团那群中二病的老大？他是没有想到的。
N只是笑了笑，“我会为了继续完成我的理想继续努力的，为了解放所有被奴役的宝可梦！如果你不愿意看到发生这种事情，那就试着来阻止我吧！”说完后，N的整个身形顿时消失的无影无踪，就像没出现过一样！
“瞬间移动？而且还是他自己使出来的！”小智喃喃道。
“你多了个劲敌呢！”伊洛开口道。
“如果他脑袋正常的话我很愿意跟他做朋友。”小智说道。
“确实，如果他正常的话，确实是个不错的朋友。”
……
N离开之后，小智他也很快的跟老红豆杉博士一行人会合了。
众人并没有找到黑暗石，只找到了一块金色的玉石，连黑暗石的影子都没有见着。
是本来就不在呢，还是被人拿走了呢？小智心里直接想到了先前遇见的那个叫N的人，应该就是他错不了了，怪不得一开始他还感觉到了他身上有股捷克罗姆的气息。
……
