【第四章·剧情概览】
追寻野兽踪迹的艾菲莉亚在荒野陷入了未知野兽『食尸鬼』的围攻。
万分紧急时，艾伦独自赶到救援，两人和食尸鬼在荒野展开激战，艾菲莉亚发现，这种野兽似乎是受到什么人的控制，才接连残害数十名无辜的孩童。
在附近村庄聪明的小姑娘薇奥拉指引下，军医索菲娅从军营带来的战士救下了两人。
复国军的参谋，也是索菲娅的老师——理查德——对食尸鬼进行一番研究后。认为必须尽快铲除这群危险的野兽。
翌日，受伤的艾菲莉亚和艾伦把食尸鬼巢穴的位置告知军队，理查德和莱伯特随即率领一支精英小队出发去捣毁食尸鬼巢穴。
回到城市的艾菲莉亚和艾伦暂时把荒野发生的插曲抛诸脑后，因为按计划，今天是他们与爱乃和索菲娅的约会日期。
在约会中，艾菲莉亚与爱乃互相交换礼物，约定从此不再分离。想到几个月前在海滨旅店经历的噩梦，艾菲莉亚与爱乃决定重新度过一晚海滨良宵弥补遗憾。
在海滨酒馆，艾菲莉亚和爱乃遇到了艾伦一行人，共同进行了一场别开生面的表演。
另一方面，梅丽在红旅举办的魔幻牌比赛中结识了索菲娅的妹妹——莱莎，并跟莱莎和特蕾西娅成为朋友，度过了一个愉快的下午。
在讲述各自的经历时，特蕾西娅提到，实际上她是一名“本该死去”的孤儿，是雷斯亚的教皇拯救了她，并让她成为了主教诺萨里斯家中的养女。而诺萨里斯真正的女儿，早就在三十年前死于南方发动的战争，教皇希望安抚诺萨里斯放下对南方的仇恨，和平的治理南方。然而诺萨里斯主教始终无法放下对南方人的仇恨，一直肆意屠戮南方百姓，最终率领骑士团与教皇南北割据。
梅丽十分感叹特蕾西娅诉说的真相，担心教皇再一次像践踏她的家乡伯根一般，南下摧毁那提亚城。
入夜，贪玩溜进夜路的莱莎遭到了一名面戴小丑面具的神秘杀手绑架；同时落入魔爪的还有来到城市当小贩挣钱的薇奥拉。
两位少女被杀手带到了一处残酷刑场，被迫进行了一场互相伤害的残虐游戏……
与此同时，终于在荒野发现食尸鬼巢穴的理查德与莱伯特在洞穴安置爆炸物，试图把怪兽巢穴一网打尽。在剧烈的爆炸后，他们惊讶的发现，食尸鬼巢穴之后竟是巨大的古代遗迹入口！就在莱伯特和理查德带人探索遗迹时，洞口突然发生了大规模坍塌……
【第五章①·剧情概览】
被神秘杀手绑架的莱莎在拷问室里饱受折磨，不过聪明的薇奥拉假意顺从，巧妙的套取出杀手的身份，原来这位杀手竟然是早已“死去”的恐怖拷问官——莫里斯！
利用智慧，薇奥拉用辣条打伤莫里斯眼睛、成功救出奄奄一息的莱莎，随即发现她们被困在了阴暗而广阔的地下遗迹中。就在遭到食尸鬼侵袭的绝望之际，一位剑术高强的战士出现在薇奥拉面前，奋力保护了他和莱莎，这名战士就是同样被困遗迹的莱伯特……
回到总督府的梅丽得知莱伯特遭遇意外，病情骤然加重，倒地昏迷不醒。生命转瞬间便岌岌可危。
在海滨旅店，艾菲莉亚和爱乃，艾伦和索菲娅这两对伴侣分别在客房中与爱人一夜云雨。第二天早晨，正策划着今天该如何继续与爱乃加深感情的精灵得知梅丽病倒，匆匆赶往总督府探望。
然而，回到红旅酒馆的爱乃感觉身体突然极度不适，一病不起。特蕾西娅惊恐的发现，爱乃染上了食尸鬼身上带有的恶性病菌——黑死病。
艾伦质问回到红旅的艾菲莉亚，爱乃的真实身份是不是休眠者，因为相比末世后的正常人，只有上个纪元沉睡的休眠者，才没有对黑死病的免疫力。
明白爱乃和梅丽生命垂危的状况后，艾伦不得已对艾菲莉亚坦白了真相。他告诉精灵，想拯救爱乃和梅丽的性命，只有深入地下遗迹，寻找避难所里封存的药品。
按照蕾莉安娜透露的线索，艾伦在红旅酒馆的水井下发现了进入遗迹的暗道，一行人当即决定进入地下遗迹探索。
与此同时，索菲娅相信，她可以用自己长久以来研究的疗法『血清疗法』为爱乃制造抗体。而在总督府内，威廉也收到了来自教皇的奇怪通信，教皇称他可以拯救梅丽的生命，代价是必须让梅丽作为人质在北方雷斯亚教廷生活三年。为了保护儿子的未婚妻，威廉同意了教皇的条件。
【第五章②·剧情概览】
被困在遗迹中数日的莱伯特小队身心疲惫，在外出搜寻出口时，潜伏在洞穴里的拷问官莫里斯突然出现，偷袭了扎营点。将理查德打成重伤后，拷问官再次劫走了薇奥拉。
理查德暗中设计，以荧光菇孢子标记出了拷问官的藏身处，莱伯特决意亲手杀死罪大恶极的莫里斯，立刻一路追寻。
在决斗中，莱伯特得知莫里斯同样身为王国贵族，因为敬爱的姐姐受到国王欺辱自杀，而对国家充满仇恨。
莫里斯向教皇出卖了首都情报，并在王国沦陷后转而效忠同样仇恨王国的诺萨里斯主教，企图激活首都下方遗迹中上古文明遗留的神器『高能反应炉』，以此彻底毁灭那提亚王国。
莱伯特惊讶的得知：一旦高能反应炉爆炸，整个大陆南方都会因辐射污染而生灵涂炭。
在惊险的击败了莫里斯后，莱伯特却没有发现薇奥拉的踪迹，莫里斯得意的声称他已经启动了倒计时，谁也无法阻止那提亚王国的毁灭……
此时，艾伦和艾菲莉亚一行人赶到，为了阻止毁灭那提亚的阴谋。莱伯特加入探险小队，突入遗迹最深处。
在从电梯井绳降途中，艾菲莉亚遭遇一只巨型食尸鬼的攻击，跌落深渊，苏醒后的精灵发现，遗迹深处是先民休眠者堆积如山的尸骸，早已有人侵入了这个先民的休眠设施，而这个人竟是早已被她“毒杀”的诺萨里斯主教……
原来，诺萨里斯主教假意兵败，用诈死的方式引诱复国军十万大军驻扎在首都附近。
他早已命令骑士团夺取了避难所里先民幸存者的休眠装置，并在地下把这支大军转变为休眠状态。
诺萨里斯打算在城市庆典上用引爆反应炉，以此来杀死所有那提亚复国军的战士。当失去了可以替换的『高能反应炉』后，教皇的机械之躯也将因为得不到补给，而逐渐停摆。届时，休眠醒来的诺萨里斯将作为新的雷斯亚教廷之主，永远统治大陆。
为了守护所有人的未来，艾菲莉亚与诺萨里斯主教开始了最后的决战，然而身负重伤的精灵这次无法战胜使出全力的诺萨里斯，在生死决斗中，诺萨里斯的利剑刺穿了艾菲莉亚的胸膛……
【第五章③·剧情概览】
地面上，索菲娅的抗毒血清发挥了作用，爱乃的病情终于脱离危险。与此同时，教皇的一个机械躯体骑乘战马送来的神奇解药『苏生剂』也令梅丽从病危中苏醒。
就在教皇准备按约定带走梅丽时，威廉拔剑杀死了教皇，并庄严声称，新的那提亚不会继续任由教廷染指，如果教廷打算战争，复国军绝不退缩。
莱伯特心急如焚的杀入遗迹，倒在血泊中的艾菲莉亚令他极端愤怒。一番交战后，恶狼之子艰难的打败了诺萨里斯，可诺萨里斯已经唤醒了休眠仓中的骑士团。眼看莱伯特即将寡不敌众，特蕾西娅神奇的夺取了“父亲”对骑士团的控制权，原来她正是教皇安插在主教身边防止骑士团反叛的“保险”。绝望的诺萨里斯再次拼死一搏，最终被众人合力击杀在了遗迹深处，然而，遗迹核心处的神器却不翼而飞……
众人在广大的遗迹中竭尽全力寻找神器踪迹，最终发现了拷问官莫里斯设下的『最后陷阱』：要解除即将爆炸的『反应炉』，就必须牺牲机关中薇奥拉的生命，而如果要拯救薇奥拉，则会令神器爆炸。
威廉和莱伯特无法做出牺牲无辜小女孩性命的命令，众人决定冒险关闭机关，拯救薇奥拉。然而，因为意料不到的意外，机关启动了……
为了掩护莱伯特和薇奥拉，威廉身受重伤。更糟糕的是，埋藏在那提亚广场的炸药炸开了『反应炉』外壳，致命的辐射瞬间笼罩了整座城市，所有人的生命危在旦夕……
教皇骑乘一匹黑色的地狱战马，趁乱冲入那提亚劫走了梅丽，得知自己的家园濒临毁灭，梅丽和教皇立下约定。教皇设法关闭失控的反应炉，梅丽自愿任由教廷处置。
此时，艾伦呼唤停泊在海上的舰船，将一辆足以抵御辐射的钢铁战车运往那提亚码头。为了拯救城市，艾伦、布克、莱伯特和贝利亚搭乘上战车，穿上特殊防护服，试图以铅水封闭反应炉被炸开的裂隙。
就在计划眼看将失败时，教皇回到那提亚，借助无惧辐射的机械身躯，将反应炉缺口彻底焊接密封……灭世的危机终于得以解除。
然而，教皇在与众人对峙时透露了一个石破天惊的真相：
一直以来与众人一同战斗的“艾伦”，其实是他一个特殊的“复制体”。
【幕间之章离乡·剧情概览】
在告知了众人真相后，教皇宣布将带走梅丽，随即绝尘而去。
不甘心的莱伯特乘上蕾莉安娜和格莱德送来的战马一路追击教皇，打算与教皇进行一次彻底的了断。
在那提亚的荒野，莱伯特、蕾莉安娜、格莱德三人与强大的教皇爆发了一场激烈战斗。奋力苦战后，不可战胜的教皇被三人合力打倒……梅丽由此获救。
当晚，精疲力竭的众人在一处林间小屋落脚。梅丽主动与爱人热烈缠绵了一夜，两人互相许下了永恒的爱情誓言。
第二天清晨，教皇最精锐的不死鸟骑士团出现在小屋外。教皇告诉莱伯特，威廉已伤重不治，复国军陷入了一片混乱，只要他愿意，便可以轻易获得胜利。然而他要给梅丽一个遵守诺言的机会……
为了抓住和平的希望，梅丽决定遵守最初与教皇前往北方的诺言。在与莱伯特订下三年后重逢并结为伴侣的约定后，梅丽搭乘上教皇的战马，踏上了离开家乡的路途……
