上帝创造一切，但又把一切的秘密隐藏在生化密码之中。解开人类乃至万物的生化密码，成了达芬奇最感兴趣的事。他称此为“解构上帝”。通过解剖，这位科学怪人深刻地了解了血液和经络的奥秘。并且，通过对血液动力的研究，他甚至发现了超越人体极限的秘密。而这在宗教裁判所所营造的舆论下，被异化成了一种恐怖的黑暗科学，而他也被喻为黑暗科学家的代表。
“掌握生物密码的人就掌握了上帝”——达芬奇坚信着，对于世人的误解，他不以为意。但为了不激化矛盾，他选择了隐居。利用在文艺复兴中经营起来的财富，达芬奇创立了黑暗科学的地下室，在那里，有关血液动力与机械发明的研究昼夜不息。
在隐居研究的日子里，达芬奇遇到了很多和他一样被宗教势力所压迫的科学家，他们经常在一起讨论一些被世人所误解的科学话题。黑暗科学家，这是世人对这些研究禁忌科学的科学家的称呼。
在一次狂热科学家（黑暗科学家）聚会上，他遇见了一个和伟大科学家爱因斯坦长得一模一样的年轻人，他叫E-46，是大陆第一通缉犯施泰因博士由爱因斯坦的46份大脑切片制造出来的人造人。
虽然达芬奇对于施泰因博士的所作所为颇为反感，但是对于这位年轻人，他实在是很难讨厌起来。达芬奇与这个年轻人一起假想了利用脑切片实现爱因斯坦整脑复活的可能，这让年轻人很是兴奋，直接提出了想要借助达芬奇的黑暗科学让自己的大脑变得完整的请求。
达芬奇也是非常欣赏年轻人的各种想法，尤其是他对于机械的独到理解更是让达芬奇对自己的研究有了新的灵感。
虽然达芬奇深受宗教势力所排斥，但是他依旧有方式可以和帝国高层联系。为了帮助年轻人实现自己的愿望，帮他拿到完整的脑切片，达芬奇引荐E-46会见了帝国的高层，在顺利拿到所有切片后，他们一起商讨了后续的实验计划。在与E-46分别后，达芬奇前去准备后续实验所需的实验材料。
但让他没想到的是，在一开始他就被帝国高层摆了一道。在施泰因博士偷走46片脑切片后，为了防止脑切片再次丢失，帝国曾经命令达芬奇制造一个追踪器，用以追踪切片。但是现如今帝国为了抓捕施泰因博士，故意将切片交给E-46想以此来确定施泰因博士的位置。
当达芬奇得知这个消息的时候一切都已经晚了，他向帝国表达了自己的不满。愤怒的离开了帝国，回到了自己隐居的地方专心研究。
在后来的研究过程中，达芬奇常有意外之喜。黑暗向这位充满渴望的探索者展示了世界美妙的另一面。达芬奇创造了可以穿越光明与黑暗界限的飞行器，通过这架飞行器，他深入世界的尽头探索，在那里他发现了被历史与尘埃所遗忘的生物——魔鬼。一种被称为英魂的力量操控着它们——在后人找到的达芬奇的遗稿上，人们解读到了这段记述。而我们这位黑暗科学的创始者，最终也被黑暗本身所吞噬。
向伟大的科学致敬-------达芬奇
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