这天，江户川柯南和侦探团四人在帝丹小学一年B班上课。班导师小林澄子对一年B班全体学生说她要开会，然后在办公室弄好了推理暗号，在班上全体休息的十分钟内把暗号钉上黑板，把暗号纸放进少年侦探团五人的座位后，躲到了美劳教室。
十分钟后全体学生回到教室，一名学生发现钉在黑板的纸条惊呼道小林老师被怪人绑架了。江户川拿下暗号纸，发现这是小林澄子发下对侦探团的挑战，而侦探团四人在自己座位发现暗号，江户川也在自己座位发现暗号，即将解决暗号时被小林老师串通的一位老师用喇叭叫到了美劳教室，而江户川柯南对小林澄子说帮大忙了，而灰原哀根据五人的暗号：毕加索与向日葵花，葵花的素颜，黄色太阳花，总面向太阳跟着灯光转，毕加索的杰作带着全体同学到了美劳教室找到了小林澄子和江户川柯南两人。此时小林澄子问江户川柯南“我帮了你什么忙”。江户川回答到“你将灰原的推理能力提高了一些。”小林澄子又问到提高灰原哀同学的推理能力能帮助你吗。
江户川柯南回答到当然，小林澄子带着一年B班全体同学回到教室，这时FBI的朱蒂史坦林搜查官来到帝丹小学一年B班，在门口向小林澄子亮明身份，小林澄子将朱蒂搜查官迎进教室，不久朱蒂搜查官对江户川柯南叫了声酷小子，江户川柯南发现站在讲台上的人是朱蒂搜查官，问朱蒂搜查官来意，原来FBI和日本公安警察厅ZERO准备搜查黑衣组织下落，朱蒂搜查官向江户川柯南表明来意，希望他在FBI和ZERO选择人手组建搜查组，这时ZERO特别行动队队长降谷零（安室透）来到帝丹小学一年B班教室，向江户川表明来意，希望他同意组建搜查组，小林澄子看见两个国际组织在向自己的学生求助。江户川柯南对FBI和ZERO的朱蒂史坦林和降谷零（安室透）提了自已从FBI和ZERO选人，而且两人在FBI和ZERO的职务不变，FBI和ZERO同意条件，在FBI名单中赤井秀一一拦打了勾，ZERO名单中降谷零一拦打了勾。降谷零和朱蒂史坦林惊讶的发现FBI打勾的一拦竟是FBI王牌，而让降谷零更惊讶的是江户川在ZERO打勾的一拦竟是自己。朱蒂问江户川柯南为啥选择赤井，而降谷零问他为啥选择自己。江户川柯南回答道“你就是降谷先生，也是我见过的优秀公安警察，还是我的搭挡，可靠。”江户川柯南回答朱蒂道“我在FBI成员名单中选择赤井先生是因为他是FBI王牌，也是我搭挡，可靠。”“而且我跟赤井先生还有降谷先生有过合作，降谷先生可以作证。降谷零说“我和赤井秀一和江户川柯南曾经处理过黑衣组织卧底名单。”朱蒂说道“柯南还和秀一打击过潜入杯户中央医院的黑衣组织卧底，柯南还曾一人击退黑衣组击五次。联合关西名侦探服部平次击退黑衣组织一次。”朱蒂和降谷两人离开一年B班前，让江户川再找四人组成搜查组。
FBI和ZERO人员离开后，小林澄子进到教室，小林澄子想对江户川柯南问他的身份被灰原阻止了，灰原哀对小林澄子说“不想死就不要问，江户川柯南的身份是FBI和ZERO日本公安警察保密的，小林老师”。小林澄子吓得脸发白
没多久，小林澄子宣布江户川柯南的请假一例特批。吉田步美和小嶋元太和丹谷光彦问江户川可以让他们加入搜查组吗，被灰原哀阻止了，灰原哀对三人说“你们不够格”江户川柯南对吉田三人说“我拒绝，你们三人没有能力，灰原特批进入搜查组，因为她俱备物理，化学，生物，医学和电脑，我解决的一些案子来自灰原在电脑上搜集的情报，包括推理。你们三人挂名进阿笠博士情报组，阿笠博士任组长，你们任成员。我一会打电话给博士。你们在侦探团职务不变，还是成员，元太你是团长，灰原兼侦探团参谋，我兼侦探团军师。步美和光彦任侦探团成员。”阿笠博士接到江户川的电话，电话里江户川柯南让他组建情报组，同时将侦探团吉田三人挂名在情报组名下。小林澄子听到江户川的话，再度宣布对江户川柯南和灰原哀特批。吉田三人接到阿笠博士打来的电话“允许加入阿笠情报组，侦探团职务不变，情报组非正式成员。”“情报组正式成员我另选。”阿笠博士把电话挂断了。
吉田步美丶小嶋元太和丹谷光彦在教室中问江户川情报组非正式成员是什么意思。江户川回答道可以进行一些情报收集而没有搜查能力和推理能力低的一些人员，即非正式成员。因为你们拥有一定搜查能力，即是侦探团成员，推理能力不行，所以给你们挂名阿笠情报组。
小林澄子第三次宣布特批“江户川柯南丶灰原哀一级特批。吉田步美，小嶋元太丶丹谷光彦二级特批，上课。”
就这样江户川柯南和灰原哀开始组建搜查组。
