毛利兰在东京这边抽中了京都三日游一等奖，毛利小五郎带着毛利兰和江户川柯南，毛利小五郎等人由兑奖方租车带到京都。
毛利小五郎让兑奖方人员带着自己到了小酒馆喝酒。江户川柯南和毛利兰被兑奖人员安顿在DKLYRT京都高级酒店中。没有多久毛利小五郎到了兑奖人员安顿在DKLYRT京都高级酒店的毛利兰和江户川柯南两人。
没多久，一个会社的四个人来DKLYRT酒店吃饭，四人吃完饭，四人各开了一间房。几个小时后，四人中的三人去叫另一个人，三人到这个人房间敲门，这个人没有回应，三人撞门而入，发现这个同事已经遇害尖叫起来，毛利小五郎听到叫喊声快速赶到现场，江户川柯南和毛利兰跟着到了案发现场，毛利小五郎让毛利兰打电话报警，毛利兰报了警，京都府警绫小路带人到了现场。
绫小路让人封锁了现场，毛利小五郎跟绫小路警部寻问三人不在场证明，此时绫小路警部的部下向绫小路报告道“被害者阪神谷，45岁，会社社员，有三个嫌疑人，小林卓，武田部，武刚正，三人阶是被害者的同事。”毛利小五郎在搜查中，确定了小林卓没有不正场证明，绫小路警部部下发现一枚指纹报告给了绫小路警部，绫小路警部跟毛利小五郎说道“发现一枚指纹，我让部下采集他们三人的指纹。”最终绫小路确定小林卓的指纹跟现场指纹一致。警方将小林卓逮捕。小林卓承认了自己的罪状，原来被害者发现他贪污公司款项，用这个事情威胁他，小林卓就把被害者杀了。
