一百年前，在太阳系的另一端，有一个名叫“扎基”的星球。这颗星球上的人们，长相和地球人无异，但他们的科技却高度发达，他们利用自己的科技解决了他们星球上的几乎一切问题，所有人都生活得快快乐乐的。可幸福的日子并没有持续多久，就在一个和平时一样的大晴天里，一个名叫“博伽茹”的高次元捕食体来到了他们的星球进行捕食。
博伽茹对宇宙中一切生命体都是极具威胁的存在，据说它仅靠一己之力就轻易毁灭了数个文明。而扎基星的人们也对博伽茹有所知晓，但他们怎么也不会想到，厄运居然会降临到自己的头上。尽管他们奋力反抗，但他们的科技还是无法与博伽茹匹敌，很快，扎基星的抵抗军就全军覆没了。没过三天，博伽茹就吃光了这颗星球上的几乎所有生命，除了……
时间来到现在，TPC的三角洲宇宙站最近观测到，有一颗陨石正飞速向地球飞来，这个陨石的直径足足有好几百公里，如果让它径直撞向地球，那后果不堪设想。
不过还好，它现在距离地球还有很远的一段距离，而且它会径直穿过火星的轨道，在那时，就让TPC的火星基地对它进行打击就行了。
以上是大多数天文学家对此做出的分析，但崛井却觉得那颗陨石有些特别，他检测出那颗陨石内含有高纯度的能量反应，虽然反应很小但特别活跃，就好像有生命一样。不过因为距离的关系，他现在也只能了解这么多。而且那颗陨石再过几天就要被击落了，现在去做分析也没有什么意义，他也就停止了观测。
大古家内，巧克力和香子兰正在电视旁收听着有关那颗陨石的新闻。她们最近对天文知识特别感兴趣，所以也知道陨石为何物。她们感叹道，人类的科技还真是厉害！能把在天上那么大的石头给打下来，真是了不起！
不过巧克力又问：“那把陨石打下来，不会掉到火星人的头上吗？”
她的问题惹得众人发笑，香子兰则夸道：“提出可笑问题的巧克力也很可爱！”，大古解释道，陨石是在离火星大气外很远的距离才被击中的，根本不会直接掉在火星上，而且陨石的碎片日后也会被回收供科研使用。而且为什么现在还有“火星人”这个说法啊？
巧克力歪着头，好像是明白了。她们俩将电视调到动物频道，看到在美洲飞奔的雄狮，她们的内心毫无波澜，可一看到在海里畅游的鱼儿，她们的嘴巴就合不拢了，口水也在往外流。
对此，大古和miku已经习以为常，她们俩确实也有一段时间没吃过鱼了，不过最近鱼价有上涨，就算想吃鱼也只能先忍忍了。
大古看了看钟，快到午饭时间了，他放下了手中的书，径直走向厨房。今天的午饭依旧是咖喱，上次去超市买得太多了，到现在也没吃完，大古系上了围裙，准备开始做午饭，但他却听到了托雷基亚的声音。
“哎呀！哎呀！在为你那些可爱的后宫们做午饭呢～”
大古很吃惊，他转过头，却没有看到他，托雷基亚是在用意念和大古说话，而大古也用意念和他对话。
“还真是惬意呢～”
“你想怎么样？”
“我只来提醒你，你接下来要对付的敌人，很特别～”
“什么意思？”
“没什么意思～只是… 很有意思罢了……”
托雷基亚停止了传话，而大古还在反复琢磨托雷基亚说的“很特别的敌人”，他还不知道那具体是什么意思，但他的预感也告诉他，要有什么事情发生了。
几天后，那颗陨石突然加快了速度，三角洲宇宙站根本没有料到会这样，他们紧急联系了火星基地，但已经迟了，陨石已经离开了火星轨道，正朝着地球飞来。
泽井总监和吉刚局长紧急向三角洲宇宙站下达命令，让他们准备好巴基尔炮的发射，并向群众发出了避难通知，陨石已经进入月球轨道，巴基尔炮已经充能至极限，陨石距离三角洲宇宙站还剩几公里，巴基尔炮已经向陨石发射。
陨石被巴基尔炮炸得粉碎，但有一块直径约为几十米的“碎片”，自己朝着东京飞来，重重地砸在了市区。这碎片就好像事先计划好了一样，TPC根本没有料到。
这根本就不是什么陨石，而正是那个毁灭了数个文明的高次元捕食体———博伽茹。
博伽茹看着街上逃窜的民众，张开了它那如同翅膀般的大嘴，直接覆盖了街上的所有人。毫无疑问，他们都被眼前的这个恶魔给活吞了。
新城率领着飞燕号部队，对它展开了攻势。
绿色的激光打在博伽茹的身上完全没有效果，博伽茹甚至没有在意天上的飞燕号，继续张开大嘴，直接将一座楼给吞了进去，还做出一副饱饱的样子。
这个举动彻底激怒了新城“可恶！我饶不了你！！！”
新城握着操作杆，径直向博伽茹飞去，并不断发射着激光。可因为他的鲁莽，很快就被博伽茹从头部发射出的破坏光弹给击落。而剩下的飞燕号们，有的被击落，有的也成为了博伽茹的食物。
大古来到了战场外，掏出了胜利神光棒正准备变身，可他却在不远处看到了一个身穿黑色大衣的男人，而那个男人一直在盯着博伽茹，看得出来，他十分憎恨博伽茹，接着他不知从哪里掏出了“黑暗进化者”，变身成了“黑暗梅菲斯特”。
大古惊得连嘴巴都合不拢了，那个男人居然变成了一个黑色的巨人，就像特利迦一样，但好像又和特利迦不同。不光是大古，所有市民都看见了这个黑色巨人，不过他们也认得出来，那个巨人不是特利迦。大古则感叹，居然还有其他的巨人，他也是超古代的吗？
梅菲斯特与博伽茹对峙着，他们都在等待对方先发起攻击，场面十分安静，只有风声在提醒人们时间没有被暂停。
一番对峙后，博伽茹先发起攻击，它从头部发射出了破坏光弹，但梅菲斯特用手臂就抵挡住了攻击，他漫步走到博伽茹的面前，一拳将博伽茹打飞，落在了一座建筑上。
梅菲斯特也朝博伽茹发射出紫色的光弹，但博伽茹用它的大嘴吃掉了光弹，它真的是什么都吃。
梅菲斯特见状，放弃了能量攻击，可博伽茹没有放弃，它从头部有放出了电击光线，梅菲斯特居然用周围的建筑物做掩护，结果周围的大楼全都被破坏了，大古很吃惊，那个黑色巨人居然没有在保护城市！
梅菲斯特抓住机会，一顿“欧拉欧拉”打得博伽茹无计可施，然后他举起博伽茹向一座建筑扔去。
大古看不下去了，变身成了特利迦奥特曼，他试图劝说梅菲斯特，不要再采取这样战斗方式了！
可梅菲斯特只是看了眼特利迦，接着又向博伽茹功去。
特利迦也向博伽茹的方向跑去，博伽茹再次放出电击光线，拦下了两人，接着它又用尾巴缠住了特利迦，将他搂在怀里，特利迦想要挣脱，但博伽茹放出了强大的电流，使得特利迦全身麻痹，它又用强大的念力控制了特利迦，使他放弃了抵抗。
博伽茹张开了大嘴，眼看它就要把特利迦给吃掉的时候，梅菲斯特使出了“黑暗光线集群”，制作出巨大的黑暗光球，接着它又分裂出无数的小光球，朝博伽茹袭去。
博伽茹最终放开了特利迦，但它也在烟雾中消失了。现场只剩特利迦和梅菲斯特，他们用意念进行着对话。
“谢谢你，刚才救了我。”
“不要误会了，我只是不想让它变得更强而已！”
“欸？”
“那家伙在吞噬了强大的生命体后就会变得更强，我只是不想让它变得更棘手而已！”
“那你刚才为什么对城市视而不见？！难道你不是为了保护地球，保护人类而战吗？”
“哼！我可不管这颗星球的死活，我只想要复仇！”
梅菲斯特化作了一股黑烟，消失了。特利迦也化作了光粒子。
大古再次找到了那个男人，男人自称为“沟吕木真也”，是从一颗叫扎基星的星球来的。 博伽茹毁灭了他的星球，他的族人全都被博伽茹吃了，只有他一个人逃了出来。之后他一边在追寻博伽茹的踪迹，一边在寻求与能博伽茹相匹敌的力量，有几次还差点把性命都搭上去了。不过，命运还是庇护了沟吕木，他与恶魔签订了契约，得到了力量。现在他已经有能力去复仇了，他要不惜一切代价，亲手干掉这个毁灭了他的故乡的家伙。
大古很同情沟吕木的遭遇，对他发起邀请，一起对付博伽茹。可他拒绝了，他坚持要自己亲手干掉它，如果大古或者说特利迦想妨碍他，就别怪他不客气！说完就离开了。只剩大古留在原地，但他觉得沟吕木并不是不是他说的那样，他的心里依旧还有光。
