在一个废弃的矿山处，沟吕木来到了此地，手里还拿着黑暗进化者。
“就是这里吗？古代怪兽——哥莫拉被封印的地方。”
古代怪兽——哥莫拉。根据《太平风土记》记载，它是在大约千年前被一位神秘的剑客给封印了的凶暴怪兽，至于那个剑客是谁？哥莫拉具体被封印在了哪里？就没有人知道了。现代地球人普遍认为这就是个传说，不是真的，可沟吕木并不认为这就只是个传说，他在宇宙中漂泊时就曾听闻过哥莫拉的事迹，据说它活了足足有上百万年，被无数星球上的人供奉为神明“怪兽殿下”，它的力量一定十分强大，要是能找到并唤醒它说不定可以利用它来对付博伽茹。
而现在沟吕木百分百的确定那只传说中的“怪兽殿下”就在自己脚下的土地里，他变身为等身大的梅菲斯特，一举飞向天空然后直接砸向地面，一直到达了地底深处。果不其然，一个巨大的身躯出现在梅菲斯特的眼前，那就是传说中的古代怪兽——哥莫拉。它紧闭着双眼，就好像死了一样安静，但梅菲斯特仍能感受到它微弱的心跳，他抬起手，向哥莫拉输送能量。
“苏醒吧！古代怪兽——哥莫拉！”
在黑暗能量的熏陶下，哥莫拉渐渐睁开了眼睛，并开始爬出地面。
哥莫拉爬出了地面，看着身后荒废的矿山显得有些惊奇，它挠了挠脑袋，眼神里尽是迷惘。它向着眼前树林的方向前进，没一会儿就来到了一处村庄，村民们看到哥莫拉都吓得放下了眼前的农事，并且呼叫了TPC来支援。
哥莫拉看着脚下仓皇逃窜的村民，一时不知什么情况，它再次挠了挠脑袋表示疑问，为什么人类要躲着自己？之前他们不是还把自己当做神一样对待吗？看起来哥莫拉已经失去了自己被封印的记忆。
这时，胜利飞燕一号部队来到了现场，新城驾驶着飞燕二号带领着它们。哥莫拉看到飞燕号露出了惊恐的表情，并且发出了疑问的咆哮，而新城以为它要发动攻击，就先下手为强，无数绿色的激光打在了哥莫拉的身上，而哥莫拉也完全没有反应过来这些会飞的东西居然会攻击自己。飞燕号的攻击弄疼了哥莫拉，这令它很生气，它准备反击了！它想要伸手去把这些会飞的东西给抓下来，可由于它们飞得太高只好作罢，接着又是一阵攻击，哥莫拉变得更生气了，它不知道为什么人类要攻击自己？自己不是他们的神吗？既然这样，就感受下神的愤怒吧！
哥莫拉再次发出咆哮，用它那长长的尾巴击落了一架飞燕一号，再用“超振动波”击落了另外一架。新城向哥莫拉发射了德克萨斯光束，但哥莫拉用超振动波和飞燕二号对波，抵消了德克萨斯光束。
新城很是吃惊，他接到了来自崛井的来线，崛井说这头怪兽应该就是古书上记载的“怪兽殿下”，传说它仗着自己强大的力量，奴役了许多人类，它要求人类把它当做神一样看待并且侍奉它，要是有人不服从它就吃掉他们或者他们的至亲，直到一位神秘的剑客出现封印了哥莫拉才结束了这一切。崛井现在正在分析哥莫拉的弱点，并且要新城小心应敌，毕竟传说那位剑客也和它大战了整整七七四十九天才战胜它。
新城可不管传说是怎么写的，他现在只关心怎么才能阻止它，还有它不是被封印了吗？怎么现在又苏醒了？对此崛井也还给不出答案，哥莫拉又猛地向新城甩尾，他紧急躲了过去并关闭了通话。新城再次向它发射了德克萨斯光束，可这次它直接用手拍飞了光线！
“啧！到底怎么才能打倒它？”
这时，特利迦出现在了新城面前。
“特利迦？好！”
特利迦摆好了战斗姿势，哥莫拉看到眼前的光之巨人回想起了以前的事，曾经它也和另外一个光之巨人战斗过，但它输得很惨，差点连命都丢了，现在它一定要报仇雪恨。
哥莫拉朝特利迦冲了过来，特利迦也一把抓住了它的手，可复合型的力量完全不及哥莫拉，特利迦被它推着走。特利迦见力量不及哥莫拉，就转化为强力型一转攻势，把哥莫拉举了起来扔向一边。待哥莫拉站起来，特利迦用快得不见影的拳法打得哥莫拉无法招架，接着特利迦推倒了哥莫拉，抱起它的尾巴通过高速旋转使出“奥特龙卷风”，把哥莫拉甩向远处。
哥莫拉重重地摔在地上，特利迦也不给哥莫拉喘息的机会，使用了迪拉修姆光流，可却被突然出现的梅菲斯特给挡了下来。
不仅是特利迦，哥莫拉也懵了，它眼前又出现了一个黑色的巨人，看起来他是来帮自己的，不过哥莫拉也没有完全对梅菲斯特放下戒心，依旧摆出战斗的姿势。
“我可不能让你那么快就干掉它，特利迦。”
梅菲斯特又转向哥莫拉，“好了，让我给你力量吧～”
他向哥莫拉输送了大量的黑暗能量，哥莫拉看起来很痛苦，但又很享受被力量包袱的感觉，它的身体开始发生变化，爪子变得更加锋利，眼神也变得更加凶残，整个身子也壮了一圈，现在它已经进化为“EX哥莫拉”。
EX哥莫拉向梅菲斯特点头表示感谢，也完全放下了戒心，它刚想上去试试新力量就被梅菲斯特拦了下来。
“想试试新力量吗？”哥莫拉点了点头。
“那么…”梅菲斯特在胸口聚集能量张开了黑暗领域，而新城也被卷了进去，因为巨大的晃动，新城艰难地控制着操作杆，而对周围发生的一切浑然不知，可之后他还是昏了过去。
待新城醒来，他发现飞燕二号被卡在了一团血红色物体中，天空变成了昏暗的红色，黑色的地面令他感到毛骨悚然，呼吸好像也变得困难起来，在黑暗领域里，新城感到极度的不适，可眼前的光景还是盖过了一切的不适，特利迦陷入了苦战！
强力型的特利迦在力量上也不及EX哥莫拉，特利迦被它踩在脚下，无奈之下，特利迦只好召唤圆环之臂，用强力爪形态才击退了EX哥莫拉。
梅菲斯特就在一旁看着（OMO），他在测试EX哥莫拉的实力，而EX哥莫拉很享受拥有力量的感觉，对此它不介意梅菲斯特的观战行为。
特利迦转化为空中型，圆环之臂也转化为空中弓形态，试图用速度来压制EX哥莫拉，起初这确实有效，EX哥莫拉招架不住高速的攻击方式，可接着它使出了超振动波，直接向天空乱扫，特利迦一个不慎就被击落，在黑暗领域里，特利迦的各项能力都被削弱了，而且彩色计时器也开始闪烁。
特利迦见状利用圆环之臂使出了“兰帕尔特弓箭强袭”，巨大的蓝色光箭径直射向了EX哥莫拉，可EX哥莫拉丝毫没有想躲的意思，直接硬接。
待爆炸的烟雾散去，EX哥莫拉丝毫没有受伤，它发出了得意的吼声，并聚集着大量的能量来发动最强的超振动波，能量越来越多，特利迦再次摆好架势，彩色计时器闪烁得更快了，新城也向特利迦喊道：“快逃啊！”
可就在这时，EX哥莫拉的能量突然消失了，身体也变回了原来的姿态，它摸了摸自己的脸，发现自己变回了原来的模样，发出了惊恐的叫声。
“看来你还没有很好的掌握黑暗的力量啊～”梅菲斯特走了过来，接着看向虚弱的特利迦。
“你捡了一条命啊，感谢你做了我的小白鼠，期待下次见面吧。”
梅菲斯特和哥莫拉消失在了黑色的烟雾里，黑暗领域也消散了，新城的飞燕二号再次升空，特利迦也消失了。
大古脱着疲惫的身体，走在无人的村子里自言自语道：“沟吕木… 他到底要干什么？……”
