同一时间，东京都米花町2丁目22号，阿笠博士宅邸。
两年前，柯南和他的父亲工藤优作联手日本警方和FBI对黑衣组织发起围捕行动，围捕行动规模宏大却又隐蔽而迅速，最终以黑衣组织瓦解、数百名成员被捕、核心成员琴酒坠楼身亡、贝尔摩德失踪宣告结束。
由于黑衣组织渗透甚广，警方、政府、商界高层均有人员涉及在内，为掩盖这一丑闻，官方决定封锁有关黑衣组织的所有消息，试图将黑衣组织的存在就此抹去。
黑衣组织瓦解后，由于APTX4869的解药尚未研制成功，工藤新一只能以江户川柯南的身份继续活动，但由于其真实身份已经被毛利兰等人知晓，在挨了毛利小五郎一记过肩摔后就被撵出了家门，回到他本来的宅邸继续小学生的生活。
曾经的组织成员宫野志保经过审判后，最终以天才少女灰原哀的身份进入了东京国立研究所继续APTX4869的研究，柯南回到自己的宅邸不久，小哀便搬离阿笠博士家住进了东京国立研究所羽田分所。
两年时间转眼过去，小兰、园子、平次、和叶还有快斗等等同龄的高中生都迈入了大学的校门，柯南则和帝丹三巨头步美、光彦、元太一起升上了小学四年级，随着黑衣组织的瓦解，众人的生活重新回归平静，直到今天……
“怎么了新一，发生什么事了吗？”，见柯南匆匆赶来，阿笠博士急忙问道。
“博士，你今天有发现什么异常吗？或者有没有收到奇怪的电话、信息、邮件之类的？”
“异常？没有啊，感觉都和往常一样，相反今天还很平静，我今天接到你刚才打过来的电话而已”
“这就奇怪了……”，柯南陷入了思考，片刻后拿起桌面的电视遥控器，在本地新闻台和国际新闻台之间来回切换。
“怎么了吗？”，阿笠博士再次追问道，电视机里播放着日常的社会和国际新闻，只是阿笠博士想到不这则新闻和柯南奇怪的举动有什么联系。
“我刚刚在走廊发现附近多了一些陌生的面孔，而且还都佩戴了枪械”
“佩戴了枪械！警，警察吗？”
“嗯，我刚刚和目暮警部确认了是公安的人，他们在这一带执行任务，但具体任务内容无法透露……”
“公安的人！”
“我们国家的公安部跟中国的国家安全局，美国CIA类似，能让公安出动的很可能是会危害国家安全的犯人”
“啊？就在我们身边吗？”
“按照目暮警部的说法应该是这样没错，但是我总有一种不详的预感，他们的目标或许另有其人”，柯南走上二楼后便躲到窗帘后观察着宅邸外的情况，坐在车里的公安警察不时朝阿笠博士和自己的屋子望去，加上刚才和目暮警部通话的时候警部让他自己多加小心，这更让他无法打消心中的疑虑。
“另有其人？你该不会觉得他们的目标是我吧！我只是个普通的发明家而已，怎么会做出危害国家的事情”
柯南心中苦笑道：“呵呵，就算让你做你也做不出什么能够危害国家的发明”。
但很快柯南的神情再次变得凝重起来：“如果是那家伙的话……，不过她已经很久没有回来了，应该不会和她有关才对……”，凝重的神情仿佛带着一丝哀愁。
“新一！新一！不会真的和我有关系吧！”，阿笠博士急促的声音将柯南的思绪拉回。
柯南一眼嫌弃地看着阿笠博士：“你最近有什么新发明吗？”。
“有啊，噔噔噔噔，这是我最新发明的一款防窥视眼镜，镜片的两边都是特制的显示屏，镜架上的智能摄像头能将捕捉到的外界情况及时反映在内侧的屏幕上，向外一侧则能够模拟人的面部表情和瞳孔活动，这样无论是在学校上课还是公司上班想要偷懒的时候都不会轻易被别人发现，怎么样，很厉害吧！”
这次柯南终于忍不住吐槽道：“呵呵，又是技术含量很高但实际上完全没有用的东西……”。
“难道是政府想买下我的专利，唔……，军用的话……，是个需要思考的问题……”，阿笠博士还在自嗨当中。
柯南扭头走下楼：“放心吧博士，这些人大概率不是冲你而来的，我先回去了，有什么事再和我联系吧”，直到他迈出家门，阿笠博士还沉浸在思考自己的发明是否应该用于军事活动。
在推开自家大门前，柯南恰好与不远处在车上“保护”他的公安警察四目相接，但对方很快便转移了视线，装作一副不认识的模样。犹豫了片刻后，考虑到是公安正在执行任务，他最终还是压制了内心的好奇推门走进了庭院，只是不知为何，灰原的身影一直浮现在他的脑海之中，那股不祥的预感，依旧困扰着他。
“真是，什么时候开始凭直觉办案了，还是不要自己吓自己的好”，快速回忆了一遍近期发生的事情又找不到任何的异常后，柯南在书房里翻出了许久未用的小提琴，尝试用音乐让焦躁不安的内心冷静下来，上一次让他如此不安还是小兰遇到危险的时候……
另一边，东京国立研究所羽田分所。
“姐姐，不知不觉一天又过去了。今天B组成功突破了阶段三的瓶颈，距离APTX4869解药的研制又近了一步，按照他们目前的研究方向，相信再过半年的时间，就能和我一样研制出安全又长久有效的解药了。至于针对APTX4869自身的研究，目前仍旧没有新的进展。只是自从知道了我和江户川的案例后，上面对这项研究非常的重视，其投入的人员和资金并非以前在组织可以相比的，说不定这个可以逆转时光，让死者重新复苏的药物真的能够被完美地制造出来”
“可是姐姐，这样的药物真的应该被制造出来吗？我始终相信，人是不能违逆时光的洪流的，如果想勉强改变，人类终会得到惩罚。但是随着药物的曝光，越来越多的人被它的前景所蛊惑，现在的局势已经不是我一个人能够改变的，你说，我该怎么办才好？”
沉默了片刻后，坐在书桌前的灰原点击了发送的按钮，随后退出账号将手机关闭放进保险箱之中。从阿笠博士家搬出来以后，她每天晚上都会给她为姐姐建立的社交账号发送信息，账号的头像正是宫野明美的照片。虽然永远都不会得到任何的回复，但对灰原而言，这或许是她孤独心灵最后的寄托之地。
和昨天麻生雄二遇害时的场景相似，将近30平米的卧室仅靠笔记本电脑屏幕散发的微光苦苦支撑。除了笔记本电脑外，书桌上仅有一杯咖啡、一盏台灯、一个透明喷壶和一盆名为豆瓣绿的绿植。研究所为她安排的单人宿舍原本舒适宜人，但由于室内昏暗的灯光和简单的陈设，一切又显得那么地冰冷无情。
灰原打开台灯，拿起喷壶为绿植补充了些水分，看着这盆生长茂盛、离开阿笠博士家时柯南送的豆瓣绿，灰原罕见地露出了笑容。
就在这时候，研究所外响起了枪声，脑门、心脏各一枪，位于大门的两名警卫瞬间被射杀……
