红魔乡→妖妖梦→【萃梦想】→永夜抄→花映冢→风神录→【绯想天】→地灵殿→星莲船→神灵庙
注：打方括号的都不是东方正作，但是有异变发生。
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红魔乡：红魔异变，异变由吸血鬼蕾米莉亚斯卡雷特引发。蕾米莉亚认为白天对自己的行动有所不便，便散发红雾，红雾能够遮挡阳光，使自己能够在白天也能自由行动。但这种红雾对人类的身体有危害，博丽的巫女博丽灵梦与普通的魔法使雾雨魔理沙前往蕾米莉亚的住址——红魔馆。打倒了露米娅、大妖精、琪露诺等妖精后，打败红魔馆内的所有人（红美铃、帕秋莉诺蕾姬、十六夜咲夜）后，与蕾米莉亚进行弹幕战斗。最终以蕾米莉亚的失败而作为结尾，蕾米莉亚也收起了红雾，红魔异变也就结束了。
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妖妖梦：春雪异变，异变由冥界亡灵西行寺幽幽子引发。幽幽子对自家花园内的那棵一年四季都不开花的巨大樱树“西行妖”感兴趣，便让自家的从者魂魄妖梦去收集春度。大量的春度被夺走，使得5月的幻想乡也没有任何春天的迹象。灵梦因此出发调查。魔理沙则因为家门口有樱花花瓣出现，她对此很感兴趣，因此进行调查。咲夜因为馆中食物储备量不足，因此向蕾米莉亚申请休假，前去调查异变。打败了伪黑幕蕾蒂怀特罗克，迷途之家的橙，魔法之森的爱丽丝玛格特罗伊德。三人顺着樱花花瓣的去向来到了云的上空，来到幽冥结界处，遇到骚灵三姐妹露娜萨、梅露兰、莉莉卡，发生战斗。战斗结束后三人穿过结界。来到冥界白玉楼，击败妖梦，见到幽幽子。最后，在樱花与蝴蝶的弹幕之雨中，三人打败了西行寺幽幽子，幽幽子就此收手，停止收集春度，将春度放回幻想乡，幻想乡迎来春天，春雪异变结束。
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萃梦想：异变由鬼族的伊吹萃香引发。三天一次的宴会和宴会上越来越浓的妖雾使得灵梦很苦恼，因此，魔理沙、咲夜、爱丽丝等人参加了异变调查。在最后萃香出现，众人击败萃香之后，宴会的妖雾也消失了，宴会的次数也恢复了正常。
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永夜抄：永夜异变与虚假之月异变。后者由月之贤者八意永琳引发。永琳和月之公主蓬莱山辉夜为了躲避月之民的追杀，来到地上隐居。得知月之民会在满月之时进攻地球，永琳便用秘术“天文密葬法”将整个大地化为了巨大的密室，将虚假的满月替换掉真正的满月。幻想乡的妖怪发现了虚假之月，认为虚假之月对自己不利（很多妖怪在满月之时力量会大幅度提升），便出发。灵梦等人也因为永夜异变进行调查。（四队出发时间不同）打败一路打酱油的虫妖莉格露、夜雀米斯蒂亚，来到了人间之里，人类们发现人里却已不翼而飞，而妖怪们却清清楚楚地看到了人里，原因是因为人里的半兽上白泽慧音利用了吞噬历史的能力将人里的存在隐藏了起来，为了保护虚假之月下的人里。四个队伍在竹林中相互碰面，认为永夜是对方引起的，便开始战斗。战斗过后四人一同来到竹林深处的永远亭。此时的永远亭已经成为了迷宫，四人打败了狂气之兔铃仙优昙华院因幡后，却因为误入了虚假回廊，进入了异世界。四人见到八意永琳进行战斗，但永琳只是随便玩玩而已。后来他们决定不再和永琳继续玩闹下去，便来到永远亭深处的大门，推开大门。四队人员见到了真正的满月，（长时间盯着真正的满月会使得人类们发狂）也遇见了辉夜。在辉夜被打败后，她发现四队人当中有人类使得夜晚变得漫长，悍然发动永远与须臾的力量，打破永夜，幻想乡迎接黎明，永夜异变与虚假之月异变结束。
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花映冢：幻想乡大结界60年一次的异变。（这个由于我花映冢玩得不多所以不了解）
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风神录：严格来说这并不是异变。妖怪之山上搬来一座新的神社，这使得灵梦压力很大。而新神社的巫女却对灵梦进行威胁，威胁她拆除博丽神社。灵梦认为这件事和神社信仰与自身利益有关，便和魔理沙出发了。打败秋天的姐妹神明秋静叶秋穰子，灾厄之神键山雏，河童河城荷取，来到妖怪之山，山上的鸦天狗射命丸文阻挡了主角二人，得知是为了和山上的神社神明谈判，文文便让他们上了山。来到守矢神社，他们和这里的新巫女东风谷早苗进行弹幕战斗。早苗因自信过度而惨败。来到山顶的风神之湖，见到了山神八阪神奈子。弹幕战过后进行了谈判，谈判也很成功，信仰风波也就平息了。
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绯想天：异变由天界的比那名居天子引发。天子是个天人，每天的生活非常无聊，她看到幻想乡的人曾经引发异变，便决定自己也引发一场异变。她用绯想之剑收集众人的气质，气质在天空中聚集起来形成红雾。而此时地面上发生了地震，但只有博丽神社被涉及。灵梦很恼火，她要让引发地震的人为她修理神社，便出发了。其他人因为各自的原因也进行了调查。众人来到天界，打败了天子后，天子召集天女去修神社，还在地面上插上要石（要石能够镇守大地，一旦被拔出来，地面上的生物会被一扫而空）。修理完神社之后，妖怪贤者八云紫出现，认为天子修理神社有其它目的。天子也承认了事实，八云紫十分生气，在神社与天子战斗。弹幕中使得神社再次被摧毁。第二次的修复则由鬼族和天狗来修复，萃香从天界那要了一块地开宴会。神社竣工时萃香来到地上，告诉大家宴会在天界举行，宴会名字叫“大家一起虐天子”。而天子对一一到来的众人感到很惊讶，此时的天子不再保留实力，一一击败来者。战斗过后大家在天界举行了盛大的宴会，红雾散去，地震停止，异变也就结束了。
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地灵殿：间歇泉喷发，但与此同时也有许多怨灵从地底跑到了地上。灵梦、魔理沙前往地下进行调查，但妖怪留在地上作支援（很久以前地下妖怪与地上妖怪做过约定，不互相干涉生活）。灵梦一路击败打酱油的妖怪来到旧地狱，怪力乱神之鬼星熊勇仪对他们的力量很感兴趣，便和他们进行比试。比试过后勇仪告诉他们地灵殿的位置。二人来到地灵殿见到了地灵殿之主，会读心的妖怪古明地觉，觉养了不少宠物，她表示自己也不知道自己的宠物会引发这种事件。二人继续来到地狱深处，见过火焰猫燐，打败了阿燐之后，来到最深处，与异变的引发者灵乌路空见面，阿空被神奈子输入了八咫鸟的力量，但她自己却是糊里糊涂的。双方进行战斗。激烈的战斗过后，事件不了了之。怨灵停止冒出，间歇泉事件为幻想乡带来了绝无仅有的温泉。
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星莲船：严格来说这也不是异变。灵梦、魔理沙、早苗三人发现飞在天空中的宝船，便进行调查。来到船上，见过船长，得知这是前往魔界的船。由于各种原因前去拯救被封印在法界（魔界的一块地）的大魔法师圣白莲。来到魔界，与圣白莲战斗。战斗过后，三人帮助解除封印，使得圣白莲自由。回到幻想乡，圣白莲在人间之里的附近建造了一所寺庙，在幻想乡中传播佛教。
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神灵庙：许许多多的神灵（欲望的体现）影响的众人观赏樱花。灵梦、魔理沙、早苗、妖梦便前往调查异变。他们来到命莲寺（圣白莲寺庙名字）后的墓地，来到了一所塔前，打败了霍青娥、物部布都、苏我屠自古后，见到了圣德道士丰聪耳神子，得知神灵大量出现是因为有她这种圣人出现，战斗过后神灵也渐渐减少数量，甚至消失。神灵异变结束。道观中一行人来到仙界生活，也在幻想乡中布施道教，似乎与圣白莲是对立关系。
