时间来到2062年，伊莱莎希望从莱柯的资料中找到完美的AI样本，其中一份莱柯在90wish编写的资料被旧式资料库保管在3号安全屋，而旧时代资料库伊莱莎却无法破解。同时，在16Lab，帕斯卡始终无法理解伊莱莎为何攻击人类。为了寻找莱柯使用过的资料库，找回缺失的代码，同时确认莱柯的真正死因，帕斯卡派遣AR小队潜入处于铁血领地的3号安全屋。
AR小队自以为成功潜入3号安全屋，通过帕斯卡的口令破解了资料，却万万没想到，伊莱莎发现了AR小队的踪迹，代理人在此时突然下令发起攻击。身陷囹圄的AR小队只能保护M4下载数据，艰难防守。在M4拷贝完资料后，铁血的榴弹击中安全屋。代理人现身抓住了M4，而在千钧一发之际，M16及时赶到解救了M4。
混乱中AR小队四散逃亡，带有重要资料的M4A1下落不明，得知消息的帕斯卡向格里芬总部求援，要求距离3号安全屋最近的S09区格里芬指挥官，立刻提供支援，搜索AR小队。
此时S09区的指挥官，也就是神皇陛下的分灵，才刚刚完成入职仪式……
以完美成绩完成一系列入职训练的指挥官，立刻接到了格里芬高级代行官赫丽安发来任务，要求阻击对S09区发动攻击的铁血，并尽力搜寻AR小队。
经过一系列作战，消灭多处铁血指挥哨站，通过救援人形的情报，锁定当地的指挥头目稻草人。凭借出色的指挥，指挥官梯队成功击败并捕获了稻草人。可万万没想到，稻草人居然利用格里芬AI特点，在最后一刻破译出了M4A1躲藏位置，并当众发给另一个铁血头目刽子手，随后启动了自毁程序……
搜索计划再次陷入泥沼……格里芬的主力因执行安全承包，无法大范围搜索AR小队。
为了精确定位，克鲁格让帕斯卡直接联系指挥官。帕斯卡希望指挥官帮助收集S09区M4A1遗留的战斗录像……
作战结束后，根据指挥官上传M4A1的遗留记录，结合战场上其他小队的报告，帕斯卡校对M4A1信息库，确定了M4A1最后可能的位置。
在M4被刽子手部队围剿之时，指挥官的梯队偷袭了刽子手指挥部。铁血部队失去行动能力， M4A1成功获救。可其他队员依旧下落不明……
孤立无援的M4只能向指挥官提出请求，救援其他逃亡的队友。
M4A1向总部上传记忆副本，指挥官则继续搜索。占据当地铁血通信站后，M4成功联络了AR-15和SOPII。可是，此时AR-15已经携带了铁血的伞病毒。【伞】是能够将齐纳协议修改为铁血欧伽斯协议的病毒，但铁血【伞】计划启动缺失重要资料，而这些资料保管在莱柯生前的3号安全屋。“不成型的【伞】”无法修改协议，故携带者也听不到欧伽斯共鸣。却能被铁血非法访问，同时也能非法访问铁血。AR-15发现通讯遭到非法窃听，于是打算一石二鸟将计就计，告诉SOPII单独去汇合，自己“有账要算”……在指挥官梯队掩护下，M4和SOPII成功汇合，同时AR-15被猎手抓捕。
猎手进入M4通讯频道，威胁M4缴械投降以交换AR-15。双方陷入僵持时，AR-15黑入了铁血的指挥系统，修改了猎手的命令制造混乱。指挥官借机突袭，成功击败猎手，救回AR-15。
后续战场清扫工作中，指挥官梯队缴获一批军用数据存储器，根据内部铁血头目干扰者的录音数据，得知铁血即将发起一次大的行动……
该情报得到指挥部高度重视，404小队受命进行调查。
正面战场，指挥官梯队佯攻掩护；后方，404小队的搜索有条不紊地进行。HK416和UMP45抵达3号安全屋废墟，还原战斗数据并锁定代理人的坐标。本该撤退的416发现了逃亡中M16的行踪，而416似乎和M16有过节，于是决定跟踪M16。
指挥官梯队围攻干扰的同时，416终于成功堵截了游击躲藏的M16。本想乘人之危教训一下M16，结果却被M16以压倒性的优势击败。
最后，UMP45赶到接走了416，并且将404小队搜索到铁血计划的重要词条告诉了M16。
最终，干扰者指挥部被击溃，M16也现身与M4汇合。M16虽然不理解情报含义，但知道45提供的情报必然十分重要，于是立刻会见指挥官汇报。
帕斯卡解析AR小队在3号安全屋获得的情报，得知铁血即将启动【伞】计划，但计划具体是什么，目前格里芬一无所知。克鲁格立刻召集指挥官，在秘密据点召开紧急会议，讨论下一阶段的部署。
铁血通过潜伏的【伞】病毒，截获AR-15通讯数据流，得到会议信息。会议刚开始，指挥官就接到了M4A1的紧急通讯，可话还没说完，据点就遭到铁血部队和未知势力的联合炮击，克鲁格和幸存的指挥官立刻组织人形部队反击。阻击成功，但是被未知势力作为主要目标的指挥官失去了75％的肉体。随后全员撤离，指挥官则在回到s09区基地之后进入维生装置。
格里芬情报部立刻着手调查情报泄露原因……撤离进行中，总部突然发来结果：AR-15通讯数据流出现大量异常，下令关闭其通讯模块并强制带离检查。
同时，总部分析出此次袭击指挥部的位置，指挥官立刻率队突袭。作战结束，指挥官却得到紧急通报，AR-15违抗命令擅自脱离据点，总部下达AR-15的追捕令。
AR小队剩余三人对AR-15的逃离十分迷茫，指挥官决定，无论如何先找到AR-15。熟知AR-15的M16认为，她的脱离必然有什么非做不可的事……找破坏者复仇也可能是其中之一。
与此同时，单独行动的AR-15为了找到【伞】计划的真相，开始了对铁血资料库的调查。直到一座铁血工厂，意外地激活了一件干扰器。
主战场，指挥官部队攻破铁血防线。被包围的破坏者被梦想家部队接走，AR小队追击却遭到木星炮轰炸拦截。而至此，【伞】通过AR-15心智云图，已经得到了3号安全屋相关必要数据，铁血集齐【伞】计划全部启动因素。当晚AR-15感知到了欧伽斯的共鸣，做了一个“梦”，醒来之后齐纳协议通讯器全部失效。失去了仅有的联系手段，又担心格里芬受到波及，AR-15只能在09区多处指挥室留下自己心智云图的备份，逃到S08区躲避。
随后，克鲁格亲自率队调查时发现了AR-15的心智云图备份。AR小队奉命找齐备份，总部整合情报后发现与404小队调查一致。曾经了解过伊莱莎的克鲁格深知她的能力，而根据AR-15的情报能找到伊莱莎的位置，主动出击就成了唯一选择。
同一时间，AR-15逃亡中思考着对策。自己被【伞】利用差点酿成大祸，而且目前技术无法消除【伞】，回到格里芬显然是遥遥无望。那么自己唯一能做的，就只有消灭主脑一条途径。
而唯一可行的方法是：AR-15知道主脑想获取M4，自身经历也证实：AR小队因为云图的特殊性，【伞】无法完全控制，所以可以利用这点在不伤害M4的情况下引诱并干掉主脑。
AR-15失踪五天后，S08区内格夫小队发现了AR-15行踪，前往搜索却遭到炼金术师伏击，AR小队配合指挥官梯队前往营救。AR-15故意暴露行踪给M4和SOPII，引诱她们脱离队伍追踪，随后埋伏击晕两人，将M4带到一个隐秘位置。
魔方行动
当晚，因干扰器和【伞】计划密切相关，404小队奉命潜入S06区回收干扰器，HK416和G11偷袭目标指挥部，没想到铁血有备而来，提前埋放声控炸药。416和G11紧急躲避逃过一劫，逃脱铁血追捕后与9和45汇合，准备绕后偷袭，抓捕猎手逼问情报。
突袭成功后404成功击败了猎手，结果幕后的衔尾蛇直接放弃猎手并启动格式化灭口。扑了个空的404面对即将到来的铁血围剿，只能回收猎手的核心，并继续周旋。
通过解救当地观察员SPP-1，404得到了干扰器的确切位置。随后404与镇守的刽子手交战……几轮游击交火，刽子手被击败。可没料到干扰器周围遍布炸药，刽子手打算和404同归于尽。此时45灵机一动，告知衔尾蛇灭口一事，并以猎手完好的核心作为谈判筹码，让刽子手放走404，而刽子手能救回猎手并回收干扰器。
随着爆炸声响起，“假死”的404小队接应当地主力闪电攻破衔尾蛇指挥部，UMP45现身杀掉了衔尾蛇。虽然没有回收干扰器，不过404整个任务收获的情报，加上衔尾蛇的尸体足够向赫丽安交差。
可没想到，铁血整个作战的计划，居然是让UMP45接触干扰器，植入【伞】病毒……
次日，M16找到了醒来的SOPII；同时，转移中的AR-15遇到炼金术师傀儡堵截，危难关头SOPII及时出现解救了AR-15。AR-15告诉SOPII【伞】事态的严重性，却没有告诉她自己的计划，而只是将M4的位置告诉她将她引走。而随后M16赶到，AR-15没法糊弄，只能告诉M16这几天的自己经历，和无可奈何的最后计划……
越来越多的铁血部队赶到S08区，格里芬也开始了撤离计划……三小时后，AR-15和主脑在约定的大楼见面。AR-15连线M4，通过【伞】访问M4，当然只得到一些浅层的回忆……AR小组的心智云图经过了16LAB的加密，很多内容连她们自己都无权查看。伊莱莎指挥护卫部队攻击失约的AR-15，而AR-15引爆了早已埋布的炸药炸毁大楼。
而匆忙赶到的M4A1，看到的却是喧嚣的葬礼和沉默的告别。
