深海栖姬的前身叫做深海舰队，深海栖姬是舰娘诞生后才被更名的。
起名者为日本！
深海舰队由各种不规则形状的战舰组成，于2014年在夏威夷一同与从海底冒出的怪兽、代号；入侵者出现在瓦胡岛外海和地球环太平洋国家组成的海军舰队遭遇。
双方一触即发的战斗打了整天整夜，结局是人类海军舰队全军覆没！唯有四人幸存。
这场人类与外来生物的跨时空大战被称为‘瓦胡岛之战’。
怪兽入侵者与深海舰队歼灭人类海军舰队之后摧毁了整个夏威夷！在后来一个多月时间里，暴跳如雷的华盛顿集中太平洋、西海岸地区所有美国海陆空军事力量对两者施行大规模围攻作战行动。
可在与这些外来者的战斗中，美军发现他们引以为傲的高科技兵器对付深海舰队竟毫无用处！？美国海军最强大的第三舰队在西海岸被深海舰队轻而易举打得全军覆没。没有海军阻挡的怪兽：入侵者从旧金山登陆美国本土，面对美军陆空部队的打击不可阻挡般地还摧毁了洛杉矶、拉斯维加斯三座城市！迫不得已，五角大楼只好发射战术核弹才将它彻底杀死。
半年后，深海舰队扩散至整个太平洋，她们接连入侵岛国日本、东方古国华夏等环太平洋地区国家。一年后，深海舰队渗入世界五大洋。作为无法用科学、常识来解释的深海舰队不知为何永远停留在海边，没有像怪兽那样入侵陆地。
原因？！无人所知——
深海舰队更名为深海栖姬的原因为在舰娘出现后人类发现她们和舰娘一样是以女化体呈现面目并独自操纵庞大的战舰在浩瀚的海上劈波斩浪。人类用自己对海军舰种的划分对深海栖姬进行区分！但不一定所有深海栖姬都拥有人形形态，在联合国海军智库对深海栖姬的情报统计中，具有人形体的深海栖姬主要为精英或领导层。
日后指挥舰娘与深海栖姬对制海权的大规模争夺战中，人类发现深海大部分栖姬并不拥有自我意识！好像有一种意志在操控着她们。
深海舰队的主要特性是无法用常规武器击毁！长期研究的深海和舰娘的圣迭戈镇守府提督弗兰克J琼斯将军认为深海、舰娘是比人类生活在更高一个层次的物种！处在人类所处的世界的一个亚空间中，得益于是属于更高层次的生命体，她们能随意干涉生活在第一个层次的人类，但人类却不能干涉到她们。
深海从何而来？是谁让她们诞生？这个问题恐怕只有一种人能回答。
那种人便是我们幻想中的神……大概吧！
可有一种论调持有者结合遭遇海底不明潜水器事件当事人的自述，认为深海早早出现在地球上了，她们只是隐藏在海底注视着人类的发展。
也许，她们便是传说中的海底人——
想知道答案？要么问老天，要么去问深海吧！
不少与深海战斗过的海军人员郑重警告为暴额利润冒险私自出海的渔民和商船；要是在海上看到银发或黑发的少女，你最好什么都别管！往陆地跑……不然，你会死得很惨很惨。
显然，深海的出现对人类海上贸易航线的严重打击令不少海上运输行业无论是人力还是运输费用直线上升，资本家们产生一夜暴富心理不是夸张的说法。
面对高额的利润，人类原始贪婪的心是无法拒绝的。
