故事发生在公历之后的神世纪，世界已经沦陷于神明派来毁灭人类的使者Vertex之中。只有站在人类一边的神，集合成为神树，张开结界保护四国及仅存的人类。公历2015年： 由于人类过于繁荣，被天津神判断为「增长的邪恶」； 展开消灭人类的行动，派遣Vertex为先遣部队展开对人类的侵略。
站在人类方的国津神变为神树使四国免于肃清。公历2018年： Vertex袭击四国，出现了受神树赋予力量的人。勇者系统面世（初代勇者：乃木若叶为主）。
翌年，Vertex退却，并以人类不能踏出四国作为停止攻击的条件。公历2023年： 公历正式结束。以大赦及政府的联合政体确立公历正式终结，神世纪展开。
翌年，为神世纪１年。神世纪100年迎来了和平的时代没有VTX的袭来，VTX/勇者/天空恐怖症侯群这些话失去现实感于是都成了历史用语被人淡忘之后大赦就把这些记录清除，把四国外毁灭的说法都给处理好。
神世纪298年，一直由神树保护的四国，突然受到以神树为目标的Vertex入侵。神树馆6年1组的三名少女（二代勇者：鹫尾须美为主），在Vertex入侵时变身成为勇者，击退前来入侵的敌人。
神世纪300年。 Vertex 又再度入侵四国，而讃州中学「勇者部」六人意外被神树大人选上从而当上新勇者（三代勇者：乃木若音、结城友奈为主），新的战斗再此展开，他们是否能摆脱勇者的命运呢？
