政变发生时高祖在位时的众老臣正在宫内的海池上划船讨论李唐之事，李世民让尉迟恭入宫担任警卫。尉迟恭身披铠甲，手握长予，径直来到众老臣所在的船上。萧瑀大惊，问道：“今日作乱的人是谁？明公到此做什么？”
尉迟恭回答道：“秦王因为太子和齐王作乱，起兵诛杀了他们。秦王殿下担心惊动你们，故派臣担任警卫。”
萧瑀对裴寂等人说：“不料今天竟然会出现这种事情，你们认为应当怎么办呢？”裴寂和陈叔达说：“原太子与齐王本来就没有参与举义兵反抗隋朝的谋略，又没有为天下立下功劳。他们嫉妒秦王功劳大，威望高，便一起策划奸邪的阴谋。现在，秦王已经声讨并诛杀了他们，秦王功盖宇宙，天下归心，先皇如果泉水下有知，定也会为秦王欢喜。先皇留下过诏书能够决定立秦王为太子，将国家大事委托于他，就不会再生事端了。”
唐宰相萧瑀说：“好！这也正是我素来的心愿啊。”当时，宿卫军和秦王府的兵马与东宫和齐王府的亲信交战还没有停止，尉迟恭请求宰相萧瑀颁布亲笔敕令，命令各军一律接受秦王的处置，宰相萧瑀听从了他的建议。
天策府司马宇文士及从东上阁门出来宣布敕令，众人便这样安定下来了。萧瑀又让黄门侍郎裴寂前往东宫开导原李建成麾下的诸将士，将士们便都弃职而散。
政变后，李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等幼儿也都被残忍杀害，还在宗室的名册上删除他们的名字，原东宫和齐王府的女眷则全部没入宫中。
秦王府诸将领准备将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府，尉迟恭再三争辩说：“罪孽都是两个元凶所犯，而他们已经伏诛了，倘若还要牵连他们的党羽，就不是谋求安定的做法了！”
于是诸将领停止了追杀。当天，李世民颁布诏书赦天下，叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽，一概不加追究。僧人、尼姑和男女道士都应当依照原先颁布的诏令处理。
政变后的第一天，即武德九年六月初五辛酉日（626年7月3日），冯立和谢叔方都自动出来负罪。薛万彻躲起来以后，李世民多次让人明示他，于是他也出来了。李世民感慨地说：“这些人都能够忠于自己所事奉的人，是义士啊”！便赦免了他们。
武德九年（626年7月5日），唐宰相萧瑀又颁布先皇留下的诏书：“从今天起，军队和国家的各项事务，无论大小，全部委托秦王处理，然为登基做准备。
武德九年（626年7月10日），李世民任命政变功臣宇文士及为詹事，长孙无忌与杜如晦为左庶子，高士廉与房玄龄为右庶子，尉迟恭为左卫率，程知节为右卫率，秦王府旧臣虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为太子洗马，论及政变的功劳，以长孙无忌和尉迟恭为第一，分别赐绢一万匹。李世民还特别嘉奖尉迟恭，慰劳他说：“爱卿对于国家来说有安定社稷的功劳。”于是把齐王国司的金银布帛器物全部赏赐给了尉迟恭。
当初，太子洗马魏徵经常劝说太子李建成及早除去秦王。李建成败亡后，世民传召魏徵，问道：“你为什么挑拨我们兄弟的关系呢？”大家都为魏徵担惊受怕，魏徵却举止如常地回答道：“如果已故的太子早些听从我的进言，肯定不会有今天的祸事。”李世民素来器重他的才能，便改变了原来的态度，对他以礼相待，引荐他担任詹事主薄。李世民还将王圭和韦挺从巂州召回，两人和魏徵一起都担任了谏议大夫。任命政变功臣屈突通为陕东道行台左仆射，镇守洛阳。
武德九年（626年）7月27日，众大臣开始为李世民登基做准备。
武德九年（626年）7月31日，以秦王府护军秦琼为左卫大将军，又以程咬金为右武卫大将军，尉迟恭为右武候大将军。
武德九年（626年）8月3日，以高士廉为侍中，房玄龄为中书令，萧瑀亦左仆射为宰相，长孙无忌为吏部尚书，杜如晦为兵部尚书。
武德九年（626年）8月4日，以宇文士及为中书令，封德彝为右仆射亦为宰相；又以前天策府兵曹参军杜淹为御史大夫，前任中书舍人颜师古、刘林甫为中书侍郎，左卫副率侯君集为左卫将军，左虞候段志为骁卫将军，副护军薛万彻为右领军将军，右内副率张公谨为右武候将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率李客师为领左右军将军。至此，李世民集团成员和支持李世民的官员控制了国家的要害部门和职位，完全掌握了全国军政大权。
太子李建成和齐王李元吉的余党流散逃亡到民间，虽然朝廷连续颁布赦免令，他们仍然感到内心不安，图谋侥幸获利的人争相告发捕捉他们，以此邀功请赏。谏议大夫王圭将这种情况告诉了太子世民。武德九年（626年）8月7日，李世民颁布王令：“六月四日玄武门之变以前与东宫和齐王府有牵连的人、六月十七日以前与李瑗谋反 有牵连的人，一概不允许相互告发，对违反规定的人以诬告罪论处。”
武德九年（626年）8月8日，朝廷派遣谏议大夫魏徵安抚崤山以东地区，允许他见机行事。
魏徵来到磁州的时候，遇到州县枷送前任太子千牛李志安、齐王护军李思行前往京城。魏徵说：“我奉命出使的时候，对原来的东宫与齐王府的属官已经一概赦免，不予追究。现在又押送李思行等人，那么谁会不对赦令产生怀疑呢！虽然朝廷为此派遣了特使，又有谁会相信他呢！我不能够因顾虑自身遭受嫌疑，便不为国家考虑。何况我既然被视为国中才能出众的人士而受到礼遇，怎敢不以国中才能出众人士的本色来报答太子呢！”于是，他将李志安等人一律释放。李世民得知此事后甚为高兴。
