在舰娘长岛的帮助下，杜远成功在Ω的追杀下生还。
对，追杀：
对于Ω而言，杀死杜远的重要性，要远高于毁灭人类。
至于原因，之前杜远不知道，但是现在他知道了。
来自魔方中悠远的记忆涌入杜远的脑海，在这段记忆中，他看到了另一个破灭的世界。
在那个世界，自己拼尽全力，用人类最后留存的科技，向过去以及遥远的未来，发出了一丝微不可察的呼唤。
而事实证明，杜远成功了。
由于高级人工智能技术更早被攻破，杜远的研究团队不再需要在战前前往日本，去寻求其它的替代技术，并因此被截留拷问，泄露了中国最尖端的量子信息通讯技术。
空有纳米机器人技术，而没有与其配对的快速通讯技术的“Ω”实力直线下降，不再能随心所欲控制全球范围内所有纳米机器人的“Ω”，从一个不可战胜的天灾，降级为一个强大的人祸。
然而，正面击破“Ω”仍不可行：
在有限距离内，“Ω”依然可以通过传统通讯技术，操控构成自身的纳米机器人不断地自我复制和增强，并且让它们受“Ω”调动，作为它进攻或防御的手段。
最开始，人类其实是有机会消灭“Ω”的。
在“Ω”刚刚从东京研究所的地下设施中破土而出，还没能攻陷任何一个人类城市的时候，如果有一两个主要国家，集中自己90%以上的中、远程弹道导弹，同时对“Ω”所在的地区进行覆盖式饱和打击，那么“Ω”在出世的一瞬间，其本体就会被直接消灭。
然而，没有任何一个国家能够冒着自己战败，或者是蒙受国际谴责等风险，来处理这一目前来看还没有多少威胁，甚至在某种程度上都不为人知的“末日兵器”。
等到“Ω”吞噬了整个日本而彻底成长为一个庞然大物时，一般的武器攻击对它而言，已经起不到任何作用了。
然而，杜远依然有破解它的办法，这也是“Ω”不顾一切想要杀死杜远的原因之一：
另一个世界线中的自己，用最后的手段留下了一段记忆。
而这段记忆的容器——魔方，在穿越时空之后，与一艘正在港口中接受改装，准备作为护航母舰服役的C3M型货船融为一体，赋予了这机械以人类的智慧与生命。
当这艘命途多舛的舰船走过几十年的服役生涯，最后即将在远离自己故乡数万里的地方迎来拆解的终局时，奇迹出现了：
湛蓝色的光辉将傍晚的整个天空都映得闪亮，没人知道发生了什么，这艘排水量一万多吨，浑身锈迹斑斑的老家伙，就这样凭空消失在了港口之中。
在没人知晓的港口角落，少女压了压米黄色的八角帽，挎着棕色的小皮包缓步走出港口，消失在熙熙攘攘的人群。
在那之后的一百多年里，长岛时而去人类社会中闲逛，时而隐入大洋上的群岛之中，一边等待着自己要见的那个人，一边尝试着创造和自己一样拥有智慧的机械生命。
当长岛找到杜远之后，她便将自己必须要传给杜远的记忆拷贝了下来，用一个类似于舰娘心智魔方部分组件的容器装载起来，送给了杜远。
而这份记忆的内容，不仅包括了杜远最想要空间科技，还包括了“Ω”的基本结构信息，以及构成其自身的纳米机器人的程序架构。
结合目前他们已知日本可能使用的人工智能构造程序，杜远就能够根据“Ω”只能使用电磁波传递信息的弱点，通过篡改程序+破坏信息传递节点的方式，用比正常手段更小的代价消灭“Ω”。
虽然杜远的设想是好的，然而到最后，杜远也没能团结到足够的力量去实现这个计划。
杜远还是小看了人类内部的矛盾：
即使强大的外敌随时能够将人类毁灭，他们还是要保留实力，处处提防小心和自己共存亡的盟友，甚至想要借“Ω”的力量去消灭自己的敌人。
杜远曾几度想要放弃。
战胜“Ω”的希望依然遥遥无期，“Ω”在追杀杜远和毁灭人类的过程中慢慢学习，变得越来越难以对付。
它开始制造并散布自己的信号中继装置，不断扩大自己能够控制的范围，并利用人类自己的武器去对付人类。
连年战争此消彼长之下，战胜“Ω”似乎已经成为了一个不可能的任务。
但最后，杜远还是决定继续下去。“Ω”所要毁灭的对象不仅仅只有人类，还有长岛，还有和长岛一样，拥有了智慧和思想，已经和人类无甚差别的舰娘们。
杜远从另一个时间线自己的记忆中找到了最后的办法：
他要带着塞壬和舰娘，亲自回到过去，回到“Ω”还未诞生的时候，将其扼杀在摇篮之中。
然而，跨时间传送物体的难度大大超越了杜远目前所能达到的科技水平。
杜远的试制型时间机器非常不稳定，它只能保证将人传送到过去，至于过去多少，是恐龙四处横行的侏罗纪，还是正巧在“Ω”出世的前一秒，没有人能知道。
当杜远带领着塞壬和舰娘部队在时间机器附近集结完毕时，“Ω”不知为何得到了杜远的位置，径直向着时间机器扑来。
从各国政府手中支援而来的外围舰娘部队来不及到时间机器附近集结，只得就地构筑防线，去为塞壬部队进入时间机器争取时间。
然而，光是拖延时间是不够的，“Ω”设法扫描了杜远时间机器的结构，如果放任不管的话，总有一天，“Ω”自己也能建造出时间机器。
必须要有人将“Ω”拖入时间机器里，将其传送到杜远与塞壬之后的时空中。
而有实力完成这个任务的人，只有在这个世界上存在了将近两百年，一刻不停地改造并提升自己的，世界第一位真正意义上的舰娘：
长岛。
“时间的彼端再会，指挥官。”
时间机器在纳米虫群所形成的风暴下，闪烁出微如萤火的光芒，将希望再次送入遥远的过去。
……
人的肉体其实是无法承受住穿越时空时剧烈的能量辐射的。
早在进入时间机器之前，杜远就将自己的记忆封存在了心智魔方之中，当自己的身体在穿越时空时被摧毁以后，塞壬就会为他重塑一个身体。
或许是因为防护得当，也或许穿越时空远没有想象中的那么困难，在成功穿越到过去之后，杜远还是有许多主要器官挨过了穿越时空的考验。
塞壬用先进的生物技术补全了杜远受损的身体，那个心智魔方则被嵌入了杜远的身体中，用来维持这具躯体的稳定。
在不断恢复记忆和身体的期间里，杜远来到了东煌，从一名普通的士兵开始，跟随革命军抗击重樱的侵略。
在没有恢复有关于塞壬的记忆时，杜远凭着一丝若有若无的潜意识和塞壬的行动里应外合，用十几年的时间将全人类勉强团结到了一起。
当“Ω”被长岛用几乎同归于尽的方式拖入时间机器里后，被时间乱流损坏严重的“Ω”终于来到了这个时空。
自知时日无多的“Ω”在第一时间，便不顾一切如垂死挣扎一般地对人类发起全面攻击。
也就是这个时候，杜远被塞壬唤醒了记忆，他带领着自己发展的势力和塞壬一起，对Ω发起了最后的决战。
胜利几乎唾手可得，而杜远自己，却倒在了黎明前的最后一刻。
……
人类的历史是一个螺旋。
曾有人提出过这样一种理论：
宇宙的发展是一个熵增的过程，而文明的存在和发展却是一个熵减的过程。
文明将分散的物质按照需要集合在一起，让本没有规律的东西按照自己所需要的规律去运行，甚至连组成文明的这个物种本身，也行走在集合同化的道路上。
他们在文明的发展中不断地整合自身：从地区到民族，从民族到国家，从国家到集体……或许到了某一天，踏入星际空间的他们，还会去尝试整合除自身以外的文明。
然而，混乱是自然的趋向，为了让世间万物不被整合到一起，无处不在的矛盾占据了我们的整个宇宙。
为了克服这些矛盾，文明往往需要花费很大的力量，而一旦矛盾控制不住轰然爆发，其造成的伤害，轻则让整个文明蒙受数个世纪也无法弥合的创伤，重则会将整个文明彻底付之一炬。
然而，矛盾是可以互相转化的。
如果在最开始，就树立一个永远和人类分庭抗礼的外敌，让人类放下对彼此的偏见团结一致，直到有能力飞向星辰大海，将文明的种子播向宇宙，那结果，又将会如何呢？
