【第一部分】
白蠊独自追寻着人类研究出的药物“拜灭世”的踪迹，找到了这种药剂出现的源头。
一位名叫莱克斯的生物学教授，在偶然的机会下发现了一个杀死蟑螂的“好主意”：因为蟑螂食谱非常广泛，包括昆虫和同类的尸体，所以通过培育有毒的真菌，使之外表看起来像是蟑螂的食物实际却含有对蟑螂致命的毒素。一旦蟑螂食用了这种真菌，真菌就会在体内大量繁殖导致蟑螂最终死去，这样死去的蟑螂尸体也会变得有毒，其它蟑螂又会回收同类的尸体作为食物。这样药剂也就具备了传染性。
这种药剂对蟑螂这个族群来说是致命的。
在自己的学生的毕业典礼当天，莱克斯与即将毕业的学生交谈。提到在人类对昆虫的研究中显示，蟑螂实际并没有人类想的那么肮脏与可怕，反而是生态中重要的组成部分，蟑螂清理掉自然界中植物和动物产生出来的“废物”，转换成能量，再提供给更上级的掠食者。对人类想要杀光所有蟑螂的想法表示反对。
但讽刺的是，对蟑螂习性研究的最深的恰恰是生产毒杀昆虫药剂的生物科技公司。为了利益这样的公司几十年如一日的大肆向外界宣扬被夸大了的蟑螂危害性，使得人类仇视蟑螂。而自己也因为患病的妹妹需要治疗，不得不研究杀死蟑螂的药剂再卖给这样的公司。
白蠊利用阿巴瑟交予的进化方式和精确操纵虫群个体的办法，让莱克斯的实验室中的蟑螂利用储存的饲料变异成了远古时代体积巨大的蟑螂并隐藏在实验室中，通过响声引诱莱克斯前来刺穿了他的心脏，阻止了“拜灭世”的研究成功被继续卖给生物公司。
抱着愧疚的心情，白蠊找到了莱克斯的妹妹：玛莎。
原来，并不是所有人类都感知不到虫群的灵能力量。人类中的极少数变异者会具有感知灵能的能力。但这样的人类是错误的序列产生的结果，他们的身体往往是残缺的。只能在病床上等待着并不长的生命迎来终点。白蠊在很早以前就注意到了玛莎的存在，并和她成为了朋友。却没有想到自己最终不得不杀死玛莎的亲人。
玛莎警告白蠊，在过去的百年间，人类飞速的发展。随着医学的进步，最终能感知到灵能的人类会能够活下来。人类也会慢慢发现虫群具有灵能，背后是由族群中产生的守护者一般的“领袖”领导这样的事实。而人类的天性不会允许和自己一样有智慧的生命存在，届时将会发生更加可怕的事情。自己的生命即将消逝，希望白蠊在不久的将来，能够想出免于灾难的方法。
【第二部分】
阿巴瑟认识到了自己能力的不足，决定暂时改变策略，一切以族群的生存为目标。
带着自己的最后剩下的数百只幸存的蟑螂离开了人类城市，前往了原始森林地带。
在这里，疲惫的阿巴瑟族群遇到了生活在这里同为蠊族的白蚁与螳螂。白蠊称之为“小白”的白蚁族群领袖邀请阿巴瑟加入她和自己的朋友所建立的新巢群共同开始新的生活。在这个新的巢群中，螳螂则负责捕食昆虫，保护巢群；白蚁负责搜集果实与枯叶，种植菌菇，照料幼虫。虽然巢群并不大，但两个族群间彼此自发建立的协作关系让阿巴瑟若有所思。
阿巴瑟加入这个联合的巢群。改进了白蚁巢穴内所种植的菌菇的序列，改进后的菌菇能够生长的更大更快。并制造了能够隐藏于土地中，当外敌入侵时会引爆剧毒孢子的防御性变种。
在蟑螂、白蚁、螳螂的共同努力下，森林中的蠊族渐渐造就出了一个虽然不大但却很温馨的田园。“小白”邀请阿巴瑟今后一直生活在这里，并且慢慢的把族群扩大、发展，让其他族群也能够在合作中更好的生活下去。并说这就是白蠊告诉自己的，虫群应该遵循的生存之道：合作。
阿巴瑟认为，自己的宿命不可违抗，终有一天自己还是要回归zerd虫群，回到杀戮与吞噬的世界中。但他答应眼前的“朋友”，在那之前，会利用自己的能力在这远离人类破坏的原始森林地带，逐渐创造出一个属于虫群的世外田园。当一切稳定下来，自己就会离开，寻找重归zerd虫群的方法。
【第三部分】
时光飞逝，，几个月就这样过去了，阿巴瑟和朋友们所建造的新巢群逐渐也变得欣欣向荣。
蟑螂、白蚁、螳螂三个族群，凭借自己的努力。在森林中建造出了一片属于自己的家园。在白蚁的帮助下，阿巴瑟的修筑了一座自己设计的“主巢”。虽然这个由树桩和地洞构成的主巢又小又简陋，和阿巴瑟原先所在的zerd虫群主巢根本无法相提并论，但主巢一旦建立完成，阿巴瑟就能够不断往主巢中搜集资源，并利用主巢的功能逐渐重组失去的zerd虫群的基因序列。等到主巢进一步进化，自己也就可以和zerd虫群在其它星球上的主巢取得联系，了解到自己真正的任务究竟是什么了。
就在主巢建立完成的当夜，虫群们庆祝一番后准备在巢穴中安全的过冬时，白蠊急匆匆的来访。原来，这片森林中生存着的土鳖其实是蟑螂在野外环境下的变种，白蠊一直在一旁看着阿巴瑟逐渐成长。但现在即将发生一件大事。
她告诉阿巴瑟，很快会有一位人类的“探险家”来到这片原始森林，他会通过机器录制一期在原始森林中求生的“电视节目”，必须小心应对。阿巴瑟不以为然，认为一个人类不可能造成什么影响。
白蠊让阿巴瑟跟着自己，时刻监视这位探险家的动向。阿巴瑟质疑这种行为的必要性。正在这时，人类的探险家开始挖掘白蚁的巢穴，并对着镜头开始介绍白蚁的营养价值……
白蠊让自己的土鳖故意出现在了人类探险家的眼前，引诱他将土鳖作为食物，保护了白蚁的巢穴。并说，这个野外探险节目中出现的很多动物，会变成人类中寻求刺激的人作为食物捕杀的对象。自己这么做的话，白蚁就不会成为人类的下一个盘中餐。
阿巴瑟无法认同白蠊的行为，认为这是对人类的妥协。
【第四部分】
果然，节目播出后的数日，这片原始森林就迎来了人类的偷猎者。偷猎者们使用毒烟驱赶出了土里的土鳖并大肆捕捉。在对话中阿巴瑟和白蠊得知，人类城市中的餐馆正推出以土鳖为食物的各色菜谱，并在悬赏收购土鳖。
阿巴瑟对这种行为愤怒不已，认为虽然人类是无比强大的，但对人类的狂妄行为逆来顺受的话，必然导致人类得寸进尺。这颗星球上的虫群应当不断变强，有朝一日能够摆脱人类带来的破坏。白蠊表示相信会有那么一天的到来，自己的一些【朋友】也在为此而努力。但在这之前，笨拙的自己只能用自己的方法保护虫群——就像是数亿年的历史中一样。
偷猎者的行为被人类中的护林员发现，被抓住关在箩筐中的土鳖也在白蠊的指挥下全数逃跑。然而，偷猎者为了掩盖自己的行为，不惜杀死护林员，并点燃了山火试图烧毁一切。
在干燥的天气下，山火迅速蔓延。白蠊让阿巴瑟的蟑螂与“小白”的白蚁族群带着虫卵逃到了山下的湿地，并利用自己族群里土鳖的身体在山火中掩护了阿巴瑟。但是他们却永远的失去了自己辛苦建造起来的家园和一起生活的朋友：螳螂镰牙。
火灾过后，阿巴瑟发现自己的族群仅仅剩下最后一只蟑螂，怒火中烧的阿巴瑟当即下定决心要报复人类。白蚁规劝阿巴瑟，虽然家园已经不在，但自己的白蚁族群仍有幸存，即使失去了家园，只要活下来，多少次也可以重建。并邀请阿巴瑟加入自己的白蚁族群。
阿巴瑟告诉白蠊，自己能够利用死于山火的生物身上的生物质，重组自己脑虫的躯体。这样，自己将不再以依附虫群的灵能姿态存在，而会像以前在zerd虫群一样拥有强大的实体。当属于自己的躯体被重组后，阿巴瑟就能够开始制造zerd虫群的蝗虫与畸兽对人类展开报复。同时，他还对在山火中失去家园的虫群领袖表示，如果能够让自己吞噬掉他们，就能够更快的开始报复人类。失去家园的虫群领袖纷纷准备协助阿巴瑟报复人类……
尽管白蠊极力反对，阿巴瑟依然一意孤行。就在阿巴瑟的躯体开始复苏时，虫群另外两位最强大的领袖：蝇族的别西卜与蚊族的温蒂出现了。
别西卜肯定了虫群必须对人类的行为做出回应。但对此刻阿巴瑟吞噬其他虫群的做法做出了质疑。并说自己看到的只是一个失去了理智，被欲望所支配的怪物——就像人类一样。追随阿巴瑟的虫群领主，即使成功报复了人类，也只能走向毁灭。
在别西卜与白蠊的劝说下，虫群冷静了下来。但阿巴瑟又提到，自己已经明白了主宰交予的任务：自己通过主宰的灵能来到了500年以前，为的就是消灭掉虫群未来的敌人——人类。并且威胁将毁灭一切阻止他灭绝人类的势力。
白蠊，别西卜，温蒂不得不决定强行阻止阿巴瑟自我毁灭的行为。尚未完成重生的阿巴瑟在一番交战后，被虫群使用麻痹激素所控制，陷入了沉睡。
白蠊最后告诉阿巴瑟，自己会用偷偷从阿巴瑟那里学来的方法，和自己的眷属白蚁还有虫群的同胞一起，创造一个比刚刚被火灾毁灭的家园更加美好的世界。
【第五部分】
阿巴瑟苏醒后发现时间已经经过了数百年。
而自己曾经停留过的虫群，已经【解决】了人类造成的问题。开始在太空中开始新的生活，在无数的星球上用团结协作的理念建立属于虫群的新家园。
阿巴瑟告别了异世界中碰到的虫群领袖们，独自出发去寻找属于自己的zerd虫群。
最终，他回到了zerd虫群所在的星域……却发现整个zerd虫群和星族都已经陷入了来自虚空的邪神所腐化，成为了被操纵的行尸走肉。
原来无论zerd虫群还是星族，都是虚空中的邪神改变这个世界中的生物，创造出来的物种。
邪神让两族自相残杀，并在战争中不断变得更强，待时机成熟，自己就能控制住zerd虫群和星族。并将两族的肉体互相混合成为“混合体”，作为自己的奴仆。这样，他就能够从虚空中来到这个宇宙，并且让整个宇宙屈服于自己的意志。
一位曾经是邪神手下的星族高阶领主看穿了邪神的阴谋，带领自己的舰队背叛了邪神，联合了其余星族尚未被腐化的黑暗圣堂武士和机械净化者部队，以图击败邪神。然而，星族的领袖们却担心无法与被腐化的同族和虫群对抗。
高阶领主介绍了自己的盟友：阿巴瑟。
他与阿巴瑟达成了协议，只要利用星族的灵能杀死脑虫，阿巴瑟将能够不断从邪神那里夺回虫群的控制权，最终取代被腐化的主宰，重新控制虫群。
而他自己则会找到遗失的神器碎片，对抗邪神对星族灵能的腐化。按照这个计划，最终星族和zerd虫群依然还有挫败邪神的最后机会。
就在这时，邪神的部队开始了进攻，战争爆发了。为了自己族群的未来，和远方自己曾经停留过的美丽世界，阿巴瑟决定与自己身边的盟友们并肩背水一战……
（结局A）
