【第一部分】
阿巴瑟回想起自己在zerd虫群时主宰对自己的告诫和来到这颗星球后的所见所闻。认为原有的zerd虫群之所以会走向灭亡是因为过于自傲，没有认识到团结的重要性，使得陷入和星族永世的纷争中难以自拔。这颗星球上的虫群的生存方式，却是自己从未见过的共存之路。
阿巴瑟回答白蠊，自己作为外来者，无权对地球的虫群选择进行干涉，相信白蠊按照自己的想法做出的选择将会比自己的看法更加正确。
白蠊对阿巴瑟的回答很满意，在投票开始前公开对其他的虫群领袖说自己会支持与眼前的人类合作。并公开了莱纳在人类的实验室中帮忙救出自己的族群的事。
在一旁听着的蝗虫领袖哈斯塔对阿巴瑟说，实际上虫群领袖对于未来该如何与人类相处，是合作还是对抗也十分犹豫。现在最受尊敬的白蠊公开支持，这次投票的结果尚未开始已经决定了。
果然，投票结果显示大部分虫群都赞同和眼前这个环保组织的人类合作。莱纳感谢了赞同自己的领主，也希望持反对态度的领主提出自己的要求，自己也会在未来设法解决。
别西卜宣布虫群将与人类开始有限的合作，将会在数日后再次举行会议。
虫群会议结束后，白蠊去找自己的朋友温蒂讨论会议的结果。发现温蒂正在与被称为时子的人类小姑娘交谈，刚刚过去的昨天正好是她作为人类的“生日”。
想起莱克斯与玛莎的遭遇，白蠊暗自下定决心要保护好眼前的人类。并问她生日是否有什么愿望。时子说生日已经过了，愿望不会灵验了，白蠊说在这颗星球上蟑螂无处不在，自己只要去还处在“昨天”的地方代时子许愿就好了。
一分钟以后，阿巴瑟在自己巢群周围感知到白蠊。仔细观察后发现白蠊正在山顶许愿：希望世界和平，所有生命都能幸福的活下去。
【第二部分】
在虫群会议结束后的几天。黑衣人突然接到“羚羊”组织的要求，要拆除他们之前帮忙安装的仪器。在询问为什么时，莱纳说这些仪器被发现有“安全隐患”，必须立即拆除。
别西卜带白蠊看了自己隐藏在远离人类活动区域的原始地带的血蝇。告诉白蠊自己利用这个能够与微生物共生的族群搜集了病毒并储存在体内。并让它们在这个相对与世隔绝的环境下改变，这样外界的生物一旦感染，很难进化出抵抗能力。原本这是自己对人类谈判的筹码，但现在还是让血蝇彻底灭亡比较好。白蠊说可以让自己的一位朋友帮助改变血蝇的序列。
阿巴瑟找到白蠊商量这颗星球虫群的未来。
阿巴瑟说，通过人类的描述，自己已经查明了一点：按照自己被主宰传送前的世界里“刀锋女王”的记忆，那时人类的历法是2501年，现在自己来到的是一个时间还处在2012年的世界。
白蠊问刀锋女王是什么，阿巴瑟解释，在未来，主宰捕获了一名具有强大灵能潜力的人类，自己将她改造成了被虫群控制的刀锋女王并用来消灭星族。然而最后虫群却和星族两败俱伤。所以主宰才会将自己传送至这个异世界，改变这个结局。
白蠊说只剩下不到500年的时间了，自己和阿巴瑟必须加快速度才能改变这样的未来。阿巴瑟却非常疑惑：为什么白蠊默认要帮助自己？
在思考后，阿巴瑟得出了答案：这颗地球上的虫群和自己的zerd虫群思维方式有着根本的区别，zerd虫群出现了数千万年，在偶然的机会下进化出了夺取外族物种基因精华改变自身的能力，所以在思维上会优先考虑的是夺取和吞噬；而地球上的虫群在数十亿年的生存历程中，依靠的是互相合作构筑牢不可破的生态圈，所以天性就倾向于帮助处于危难中的其它族群。也许，自己应该学习的就是这一点。
阿巴瑟说，在接下来的时间里，自己会效力于地球的虫群，帮助这里的虫群改变、学习全新的基因序列。白蠊回答自己也会努力帮助阿巴瑟让他有朝一日回到家园，拯救自己的族群免于灾祸。
【第三部分】
白蠊感叹与人类合作是一件复杂的事情，虽然人类的历史只有短短的几千年，但复杂程度却丝毫不逊色与虫群的历史。在合作之前，自己应当更加的了解人类。于是向时子借了人类的“教科书”，希望借此更好的理解人类。
阿巴瑟对人类的知识大加批判，说zerd虫群的科技远高于人类百年，现在的人类科技尤其是生物科技有太多完全无法直视的谬误。
白蠊表示至少人类的历史值得参考，在看完一个被称为“C国”的人类国家历史后，阿巴瑟说，人类的历史是有趣的反面教材，但至少能告诉虫群，科技落后的种族就要“挨打”。白蠊说可能正是因为人类分成了很多派系互相竞争，才会发展如此迅速。
阿巴瑟告诉白蠊自己所知道的zerd虫群的历史，zerd虫群起源于银河系彼方的另一颗星球扎鲁斯上。凭借吞噬生命改变自身序列的能力，互相竞争，所以才能短时间内快速崛起。白蠊问阿巴瑟，zerd虫群领导者“主宰”的事。阿巴瑟对主宰的强大大加赞赏，白蠊却指出了主宰行事的一个明显的“矛盾”之处，从未质疑过主宰决定的阿巴瑟在提醒下也发现了逻辑无法解释的问题，说也许主宰有着更加宏大的计划。
【第四部分】
借助莱纳改造的灵能转换器，虫群与环保组织“羚羊”的会议开始了。
阿巴瑟发现，这个组织的领导者们大部分是人类中年轻的“理想主义者”，相信未来人类科技的不断进步会使人类逐渐具备和这颗星球上其它所有生命和谐共处的条件。
得知了虫群意志的存在后，组织内的领导者们惊喜不以，感到自己之前所做的一切保护自然的举动是有意义的：因为地球上的生命从起源上来说，互相之间都是兄弟姐妹。
莱纳指出现在人类社会还存在很多问题：战争、贫穷、剥削使人类根本无暇顾及人类之外生命的死活。为此，这个组织不断进行着基因和能源技术的研究，希望借此帮助更多处于危难中的人类，并让受到帮助的人类逐渐接受羚羊组织“所有生命平等”的信条。可惜的是人类社会仍然还对基因技术讳莫如深，而组织也受到资金、人员、物资多方面限制。
如果虫群能予以配合让他们掌握解析和改造基因序列的方法，就能够实现这颗星球上生命的平等。
阿巴瑟偷偷对白蠊说自己对这个方案非常怀疑，因为生命的天性就是自私和贪婪。地球的虫群之所以会协作是因为只有互相协作才能让生态圈平衡，获取最大的利益。等到人类学会了虫群对基因序列的控制方法，就不会再把虫群放在眼里。
别西卜和哈斯塔也提出了同样的疑虑。最后虫群和羚羊组织决定暂时只将人类和虫群的交流维持在高层，并约定分工合作：由虫群负责基因技术的研究，目标是找到能够在太空环境下构筑生态圈和改造异星环境的方式。羚羊组织则负责能源方面的研究，制造出效率更高，足以维持太空飞船长时间运行的引擎。这样，人类和虫群就能够开始向太空中发展，即使今后人类和虫群理念不同，也能够各自去建造属于自己的家园。
【第五部分】
会议结束后，白蠊与虫群中另外两位领主别西卜和温蒂讨论寻找构筑生态圈的方法。阿巴瑟希望帮忙却在对话中发现自己对“循环”的理解反而远不及他们。白蠊笑到阿巴瑟还是个年轻的小伙子，自己已经是依靠生态圈活了五亿年的“老太婆”了，不过也正是因为阿巴瑟带来了新的改变基因序列的方法，现在能省去很多麻烦。一番讨论后虫群决定在远离人类的深海和洞穴中进行从零开始构筑一个生态循环的实验。
另一方面，羚羊组织利用虫群帮助推进的基因技术研究改进医疗、农业、能源。廉价的药品和食品带来的利润使羚羊组织迅速发展，通过将新型科技无偿提供给需要帮助的人，使这个环保组织反而得到了越来越多人类的认同。人类中最大的国际组织肯定了羚羊组织的做法，很多国家和个人对羚羊组织的研究进行资助，希望从中获得实际的利益。
羚羊组织召开会议，决定将现有的医学和农业研究成果全部无偿的公开给全人类，这样有助于扩大羚羊组织的影响力，并使人类逐渐放弃很多对环境有巨大污染的农业模式。而组织的下一步计划就是制造以太阳为能源的高效率仿生电池，一旦该项研究取得成功，就能取代大多数污染严重的矿物能源，从而实现和虫群【减少人类对生态圈的破坏】的约定。
组织内有成员质疑，现在羚羊组织的科技，实际上是将人类现有的科技和新得到的虫群基因技术结合而产生的，所以不需要太大的成本。但如果再把生物能源技术无偿交出的话，恐怕今后的事务又会遇到难以解决的资金问题。莱纳说羚羊组织既然信条是实现全地球的生命平等，就不能仅仅只站在自己的角度思考问题，而应该更加重视改变所有人类的思想：羚羊组织相对于全人类来说，毕竟力量还十分弱小。当人类现有的社会体系逐渐被清洁高效的新模式取代后，越来越多的人将会认同他们的观点。但也考虑到，轻易的扩散新能源技术确实可能会触犯很多跨国组织的利益，必须谨慎行事。
已经加入羚羊组织的“白银之手”黑衣人突然发言，提议先暗中将技术提供给希望借助新技术崛起的“发展中国家”，获得这些国家的支持，这样就能将一部分人类拉到自己的阵营中，羚羊组织也可以逐渐获得政治地位和国际话语权，这样掌控着传统能源的利益集团就很难阻挡能源技术的革命了。
【第六部分】
十年后，白蠊又一次去自己当年交给阿巴瑟的巢群做客，此时阿巴瑟早已实现了当年白蠊开玩笑般的“小目标”。白蠊夸赞阿巴瑟相比第一次相见时已经有了长足的成长，以自己的角度来看，阿巴瑟已经是一个能够守护族群的合格领袖。
阿巴瑟说巢群之所以可以如此顺利的发展，不仅有当年白蠊对自己的帮助的功劳，也因为在羚羊组织的影响下，人类抛弃了对虫群进行屠杀的错误观念，并且正在开始发展新的以阳光为能量来源的仿生能源。白蠊表示当初与人类合作确实是一个正确的选择。
白蠊观察到阿巴瑟似乎闷闷不乐，于是询问原因。阿巴瑟告诉白蠊，自己总感觉自己的巢群还缺少一些东西，但却想不明白到底是什么。白蠊沉默了一会后，说一定是阿巴瑟想家了，并告诉阿巴瑟别担心。虫群也在羚羊组织的帮助下找到了数种构筑能几乎永久循环的生态圈的模式，待人类找到使用聚变能的方法，就能实现当初的约定，去太空里建设新的家园了，阿巴瑟也能够回到自己的故乡。
阿巴瑟说届时自己希望能独自离开，因为自己不属于地球。zerd虫群在宇宙中有着无数仇敌，不希望地球的虫群因为自己而受到影响。白蠊对阿巴瑟的言论无法认同，生气的说阿巴瑟是个笨蛋，就算以后阿巴瑟离开，自己也会永远把阿巴瑟当成蟑螂族群的一员，以同胞的身份看待。
【第七部分】
已经发展为在全球范围内拥有百万成员和大批支持者的羚羊组织领导人莱纳决定代表自己的组织进行一次面向全世界的公开演讲。并说这次演讲对人类和虫群的未来非常关键，也邀请虫群领袖们关注这次演讲。
在演讲中，莱纳公开了自己的身份：他是人类中偶然出现的具有“灵能”潜力的人，也正是自己偶然的“基因错误”使得自己能够活过数百年的光阴。自己的真实身份是文艺复兴时期一位人尽皆知的“天才”、“巨匠”。而自己创立羚羊组织的初衷，就是为了告诫人类无休止膨胀的欲望和对同胞的残忍之心，最终会让人类走向自我毁灭。还好，越来越多的人已经认识到了人类之前所走的错误道路，变得理性、自律，能够与其他生命和谐相处。
莱纳说地球是人类的摇篮，但人类也到了离开摇篮的时候了。羚羊组织通过对自己的基因序列的研究，已经找到了调整人类基因序列的关键性方法，愿意将这种方法移交给每一个恪守羚羊组织众生平等信条的人类。以后的人类将会有更强的体能，近乎无限的寿命……只要愿意，还能实现无数种可能。这项技术就是自己在人类进入太空时代的前夕，交给人类的礼物。
莱纳的演讲获得了羚羊组织成员和支持者的广泛赞同，也在人类中引起轩然大波。演讲结束后莱纳本人被当地警方以“反人类”的罪名所逮捕，羚羊组织在这个国家的分部也被查处，但莱纳演讲内容已经为所有人类所知。由于莱纳的身份，无数支持者开始在全球范围内开始抗议，羚羊组织协助过的国家也在国际联合会上共同表示：改造人类的基因是否合法，应当由每个国家自己决定，而不应当由少数国家和所谓的国际法来认定。
最终，在压力之下，莱纳被移交给国际法庭进行公开的审判。
虫群领袖们对未来忧心忡忡，别西卜利用灵能找到莱纳，询问是否需要虫群协助他。莱纳拒绝了这个要求，并告诫外界的羚羊组织绝对不要做出激进的行为。
经过漫长的审判，国际法庭以无法可依为由，判处莱纳无罪释放。来自世界各地的支持者们纷纷前来庆祝这一历史性的时刻。然而，莱纳却被混迹在人群中的枪手枪击身亡，现场陷入一片混乱中……
【第八部分】
对于人类是否能够接受基因改造这个问题，人类内部看法不一。不同的国家出于国家利益的考量纷纷进行立法支持或反对。
失去了领导人的羚羊组织陷入一片混乱，不得不退出反对他们的国家。已经加入羚羊组织、曾经是雇佣兵的“黑衣人”们发誓要找出杀害莱纳的真凶。经过追查，他们发现了神秘“失踪”的杀手的身份。黑衣人们将幕后黑手和罪证公之于众。
普通的人类震惊于自己被当做利益集团随意欺骗、操纵的工具，转而支持羚羊组织的理念，莱纳也被当成反抗暴政的英雄，被大量的年轻人崇拜。通过羚羊组织提供的科技实现了富强的国家对羚羊组织提供了庇护，并表示要“加强合作”。羚羊组织在多个国家的庇护下得以存续。
黑衣人因为拯救了整个组织的功劳而被推举为羚羊组织的新领导人。黑衣人打算与虫群领袖们进行交流，却发现莱纳居然存在于虫群的灵能回路中！原来别西卜和阿巴瑟已经找到了将人类的意志传输至虫群的灵能回路中的方法，并用这种方法救出了莱纳。莱纳告诫黑衣人，今后人类之间的分歧恐怕会加深，要尽快和虫群离开这颗星球。
阿巴瑟认出这位羚羊组织的新领导人正是当年曾经在人类建筑中击败自己并羞辱的人类“白银之手”的老大。经过一番交谈，黑衣人说自己早已认识到当初的行为是错误的，并表示歉意，阿巴瑟与黑衣人冰释前嫌。决定今后一起努力合作。阿巴瑟询问黑衣人的名字，黑衣人告诉阿巴瑟自己叫做蒙斯克。
【第九部分】
随着时间的推移，羚羊组织所在的国家之间交流日益加深，并组成了一个名为“泰伦”的类联邦组织，泰伦联邦涵盖了星球上很多有影响力的国家。
虽然有观念上的冲突，但不少人类还是逐渐接受了基因改造技术。起初仅仅是用于治愈疾病，之后人类逐渐开始了对自己身体的改造。莱纳当初演讲提到的未来逐渐变为现实。泰伦联邦和国际联合理事会的关系也由紧张走向了合作。
由于医疗的进步和人类寿命的大大延长，人口数量开始大幅度增加，团结起来的人类很快在能源技术上取得了重大突破，为避免今后的资源紧张，泰伦联邦和国家联合理事会都决定向太空中扩张殖民地。并开始大量制造太空飞船。
阿巴瑟，别西卜和已经成为虫群的莱纳综合了羚羊组织不断移交给虫群的人类科技和自己的知识，也设计出了属于虫群的能够在太空中航行的基因序列。阿巴瑟建议在深海中尝试孵化并改进这些能作为运输飞船的虫群个体，等到数量足够时，虫群也借助这些“利维坦”离开资源逐渐紧张的地球，并向白蠊自告奋勇：改造自己的蟑螂族群前往深海建立巢群完成这个任务。
在海底的主巢建立完成后，阿巴瑟立刻就收到了熟悉的灵能通讯。阿巴瑟认出这个灵能讯号来自于zerd虫群的主宰，但这位主宰，却好像又与原先传送自己来到这个世界的主宰有着细微不同……
通过与主宰的一系列对话，阿巴瑟推断自己并非回到了过去，而是来到了与自己原有宇宙处于不同时空的“异世界”。在询问了主宰zerd虫群的情况后，阿巴瑟认为这个世界大体与原先的世界相同，但在细微之处却又有很多的差异。
主宰对阿巴瑟的遭遇表现出极大的兴趣，因为这个世界里，虫群还没有像阿巴瑟这样的能够自我学习并不断进化虫群的脑虫。而阿巴瑟所在的星球的生物，也是“非常有价值”的。
主宰询问阿巴瑟，现在的世界和阿巴瑟原先存在的世界并不相同，阿巴瑟是否仍然愿意效忠于自己的zerd虫群？如果阿巴瑟愿意效忠自己，在阿巴瑟帮助完成自己的“计划”后，能够利用灵能将阿巴瑟送回原先的世界。
阿巴瑟思索，数万光年外的主宰所领导的zerd虫群，此刻依然保持着吞噬的天性，如果自己答应主宰将巢群控制权交出，这里的人类和虫群必然被zerd虫群所吞噬。但自己也能够回到原先的世界，拯救自己的家园……完成自己的主宰交给自己的任务。
但另一方面，自己的主宰还要求阿巴瑟时刻记住【学习】和【改变】。阿巴瑟来到这个世界后，学习改变的结果就是认识到团结和协作的重要性，并将这些与zerd虫群的能力进行了结合。阿巴瑟相信只有借助地球虫群的帮助，才有拯救zerd虫群免予灭亡的可能，为此就不能让这个世界的主宰掌握控制权。然而，没有主宰的帮助，自己也不可能回到原先的世界。
在一番思考后，阿巴瑟面对主宰做出了遵从自己内心的抉择……
后续：
终幕A
终幕B
